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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于蛋白酶特异性断裂氨基酸序列的问题
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supdragon

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于蛋白酶特异性断裂氨基酸序列的问题

之前查阅资料发现好多蛋白酶可以特异的切断某种特定的氨基酸序列，比如一种蛋白酶A可以特异的水解XX的氨基酸序列。
那么排除临位氨基酸和空间结构等因素，是不是我只要设计一个含有此序列的多肽，在条件合适的情况下蛋白酶就会只在这一点作用而不会影响其他的氨基酸序列。比如我有一个肽链YYYYYXXYYY，他是不是可以单一的断裂成YYYYYX和XYYY两种特定的序列呢？
一般来说只要不是太过分设计的肽链都可以按照特定需求催化断裂吗？求做蛋白酶相关实验的大神们解答。另外希望大神推荐几种较为中性的比较常用的特异性蛋白酶。
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1楼2013-10-14 18:00:15
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supdragon

铜虫 (小有名气)
我查了下蛋白酶数据库，我输入断裂位点他会出来可以断裂某个键的酶，现在主要问题是他给出的是一段酶可以作用的序列，我在这个序列前边和后边再加入氨基酸的话酶还会不会将其断裂呢？
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4楼2013-10-15 12:38:35
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落叶vs秋水

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
supdragon: 金币+1 2013-10-15 10:19:55
wizardfan: 金币+5, 首贴奖励，不过你这个回答处于可算可不算应助的情况，以后请更有针对性和可操作性的应助 2013-10-16 05:59:39
楼主你应该去查蛋白酶和酶切点相关的资料

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-10-15 09:14:29
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supdragon

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 落叶vs秋水 at 2013-10-15 09:14:29
楼主你应该去查蛋白酶和酶切点相关的资料

我不是生物相关专业的。。不是太懂的说
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3楼2013-10-15 10:20:20
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
supdragon: 金币+4, 恩，这个我也在文献中看过，是由于位阻的原因，还有一个阻碍催化的原因是电荷 2013-10-16 10:50:49
不完全是。在蛋白组学里有个missed cleavage的概念。比如最常用的trypsin，特异位点是不在P前面的KR。那理论上序列VADKMDAVRPRY可以分解成3部分，VADK,MDAVRPR,Y，但是如果走质谱的话，也有可能观察到MDAVRPRY，这个就有1个miss cleavage。
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5楼2013-10-16 06:01:53
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