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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » southern blot 内切酶和探针设计
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忘忧草_

木虫 (正式写手)

[求助] southern blot 内切酶和探针设计

各位大仙：

最近在用southern验证某植物的目的基因在该植物中的拷贝数。内切酶是不是只要设计的能切除DNA而又不切探针多对应的那段DNA序列即可呢?
我看了类似的文献，把文中的序列下下来用软件分析了酶切位点，但是发现在探针所对应的序列位置也有内切酶的酶切位点，这是怎么回事啊？
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不将就
1楼 2013-10-11 14:23:29
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-10-11 14:54:02
忘忧草_: 金币+30, ★★★很有帮助, 谢谢啦！ 2013-10-12 08:57:35
是的，内切酶是要设计的能切除DNA而又不切探针对应的那段DNA序列即可，楼主可以多试几种酶，看哪个能切得好些，切的弥散即可
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jiayoubashaonian
2楼2013-10-11 14:39:18
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忘忧草_

木虫 (正式写手)
内容已删除
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不将就
3楼2013-10-12 09:00:42
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)
内容已删除
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忘忧草_
jiayoubashaonian
4楼2013-10-12 15:57:03
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忘忧草_

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by blackrose8089 at 2013-10-12 15:57:03
是的，理论上是这样，但杂交的过程会受到很多方面的影响，需优化杂交的条件啊等等...

恩 太感谢您了
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不将就
5楼2013-10-13 08:58:24
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 忘忧草_ at 2013-10-13 08:58:24
恩 太感谢您了 ...

6楼2013-10-13 09:56:59
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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)
楼主你好！最近我打算做Southern blot，但有个问题不清楚向你求教。
就是探针引物扩增的片段是gDNA的还是cDNA的？就是探针引物是根据gDNA还是cDNA进行设计？
我看到很多文献是用CDNA为模板进行探针合成的，但我们确实用gDNA进行杂交的——这让我很费解。
非常感谢你的帮助！
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日拱一卒，功不唐捐
7楼2014-08-29 14:27:21
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