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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分析二级结构的变化过程
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

[求助] 分析二级结构的变化过程

请问，我跑了100ns的md，有没有什么方法或者软件可以分析出这100ns中二级结构的变化过程？
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努力，不放弃
1楼 2013-09-18 10:08:38
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不知道namd等软件是怎么玩的，不过在MS里跑动力学，会生成std文件，包含每一帧的结构形态，可以用动画animation按钮生成视频展现变化过程

找找你那个软件的help，看看能不能提取MD过程中各个时间点的构象
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-09-18 10:30:36
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宁儿_无双

铜虫 (初入文坛)
能不能问一下，“跑了100ns的md”是用的什么仪器，跑出来的数值主要是反映哪些方面的参数的？谢谢~导师最近让做分子模拟
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最自己
3楼2013-09-18 11:01:28
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-09-18 10:30:36
不知道namd等软件是怎么玩的，不过在MS里跑动力学，会生成std文件，包含每一帧的结构形态，可以用动画animation按钮生成视频展现变化过程

找找你那个软件的help，看看能不能提取MD过程中各个时间点的构象

构象是能够提取出来的，只是我想分析下比如1-10ns内折叠片占了百分之多少，螺旋占了百分之多少，想把数据量化下。我用的是amber
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努力，不放弃
4楼2013-09-18 13:13:45
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 宁儿_无双 at 2013-09-18 11:01:28
能不能问一下，“跑了100ns的md”是用的什么仪器，跑出来的数值主要是反映哪些方面的参数的？谢谢~导师最近让做分子模拟

用linux下的amber跑的
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努力，不放弃
5楼2013-09-18 13:14:24
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by 紫漠残星 at 2013-09-18 13:13:45
构象是能够提取出来的，只是我想分析下比如1-10ns内折叠片占了百分之多少，螺旋占了百分之多少，想把数据量化下。我用的是amber...

额 这个……不知道软件能不能识别折叠片【或许可以用某个扭转角表征，做扭转角角度与时间的关系图】或者螺旋……搞不好可能得自己数了……
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
6楼2013-09-18 14:47:07
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
内容已删除
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7楼2013-09-18 15:01:18
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zh1987hs at 2013-09-18 15:01:18
DSSP啦~在GROMACS里就可以用了~但是不清楚你用的是什么MD软件？

我用的是amber，我记得有个程序是可以做这个的，但是死活就是找不到了。。。
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努力，不放弃
8楼2013-09-18 20:48:42
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2013-09-18 14:47:07
额 这个……不知道软件能不能识别折叠片【或许可以用某个扭转角表征，做扭转角角度与时间的关系图】或者螺旋……搞不好可能得自己数了……...

我记得是有个程序可以做的，但是记不清了。。。
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努力，不放弃
9楼2013-09-18 20:50:01
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jackyma

新虫 (小有名气)
帮顶，同样问题。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2013-09-19 12:53:07
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