24小时热门版块排行榜    

查看: 786  |  回复: 3

水岩663

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 新手学习建模 请问下面结构变化在sybyl中如何实现

如图所示,欲从左边ribose与碱基的正常位置关系转变为右边互相平行的结构,请问在sybyl中如何实现?或者其他软件也可以。
新手学习建模 请问下面结构变化在sybyl中如何实现
align.png
回复此楼
i'mthetypeofpersonifuaskmeaquestionandidon'tknowtheansweriamgonnatellyouthatidonotknowbutibetuwhatiknowhowtofi...
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
水岩663: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢! 2013-09-29 00:33:02
楼主是只需要强行手动定义构象,而不是能量优化成这个样子木?如果只是想要定义成这种构象,在sybyl里定义N原子左右环与单键的相关键角和二面角。应该是在modify里面有。然后你定义的部分就是固定的了。
2楼2013-09-28 11:04:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水岩663

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by winterose_ at 2013-09-28 11:04:53
楼主是只需要强行手动定义构象,而不是能量优化成这个样子木?如果只是想要定义成这种构象,在sybyl里定义N原子左右环与单键的相关键角和二面角。应该是在modify里面有。然后你定义的部分就是固定的了。

是手动定义成这种构象,先将键旋转90度,再band-modify torsion连续选择4个原子后修改二面角时,command console显示:specified bond is in a ring and cannot be adjusted, 是我选择原子的顺序不对么?可不可以将整个碱基环选定,朝图示箭头方向改变一定角度?
i'mthetypeofpersonifuaskmeaquestionandidon'tknowtheansweriamgonnatellyouthatidonotknowbutibetuwhatiknowhowtofi...
3楼2013-09-29 01:34:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

水岩663

铁杆木虫 (职业作家)

4楼2013-12-25 05:14:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 水岩663 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +5 prayer13 2026-03-23 5/250 2026-03-23 22:11 by 星空星月
[考研] 材料专业求调剂 +10 hanamiko 2026-03-18 10/500 2026-03-23 22:00 by luoyongfeng
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-17 10/500 2026-03-23 13:05 by 醉在风里
[考研] 289材料与化工(085600)B区求调剂 +3 这么名字咋样 2026-03-22 4/200 2026-03-22 17:56 by 云民大李老师
[考研] 324求调剂 +6 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 6/300 2026-03-22 16:01 by ColorlessPI
[考研] 305分求调剂(食品工程) +4 Sxy112 2026-03-21 6/300 2026-03-22 15:26 by 无懈可击111
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +4 NIFFFfff 2026-03-20 4/200 2026-03-22 09:49 by 2026paper
[考研] 0805 316求调剂 +3 大雪深藏 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:55 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 268求调剂 +9 简单点0 2026-03-17 9/450 2026-03-21 15:37 by lature00
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[论文投稿] 申请回稿延期一个月,编辑同意了。但系统上的时间没变,给编辑又写邮件了,没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
信息提示
请填处理意见