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水岩663

铁杆木虫 (职业作家)

[求助] 新手学习建模 请问下面结构变化在sybyl中如何实现

如图所示,欲从左边ribose与碱基的正常位置关系转变为右边互相平行的结构,请问在sybyl中如何实现?或者其他软件也可以。
新手学习建模 请问下面结构变化在sybyl中如何实现
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winterose_

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
水岩663: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 谢谢! 2013-09-29 00:33:02
楼主是只需要强行手动定义构象,而不是能量优化成这个样子木?如果只是想要定义成这种构象,在sybyl里定义N原子左右环与单键的相关键角和二面角。应该是在modify里面有。然后你定义的部分就是固定的了。
2楼2013-09-28 11:04:53
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水岩663

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by winterose_ at 2013-09-28 11:04:53
楼主是只需要强行手动定义构象,而不是能量优化成这个样子木?如果只是想要定义成这种构象,在sybyl里定义N原子左右环与单键的相关键角和二面角。应该是在modify里面有。然后你定义的部分就是固定的了。

是手动定义成这种构象,先将键旋转90度,再band-modify torsion连续选择4个原子后修改二面角时,command console显示:specified bond is in a ring and cannot be adjusted, 是我选择原子的顺序不对么?可不可以将整个碱基环选定,朝图示箭头方向改变一定角度?
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3楼2013-09-29 01:34:57
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水岩663

铁杆木虫 (职业作家)

4楼2013-12-25 05:14:58
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