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wangxp518559

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助拟南芥SALK突变体纯合体鉴定中的问题

我在鉴定SALK突变体纯合体过程中,发现以野生型的DNA为模板用LBb1+RP引物进行PCR的时候也能扩出同T-DNA插入突变体中相大小的条带,请教哪位高手给分析一下,为什么会这样,怎么解决此类问题?
    附件中的图为其中一次得结果,我分别用了三次提的Col DNA,结果都是一样的,请教高手解答,谢谢!
求助拟南芥SALK突变体纯合体鉴定中的问题
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eulota

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wangxp518559: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-31 10:26:58
根据你的描述和我的经验,其实这种结果已经可以基本判断了:
SALK lines中的1,2,3,6,8为纯合突变体。

尽管野生型有相同大小的条带,但是条带明显比你的SALK突变体要若的多,说明其很有可能只是非特异条带。
有必要完善一下你的实验,方法有:
1.  提高LBb1+RP的退火温度(2-5度),你很可能发现,野生型的非特异带消失了;
2. 更换LBb1引物为LBa1或者LBb1.3,可能会有更好的结果。

祝顺利!
2楼2013-08-30 11:26:45
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chenzhu198

铁杆木虫 (著名写手)

版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有可能是你的野生型DNA提取的时候污染了!建议单独提一次!!

[ 发自小木虫客户端 ]
红砖并进,理实交融!
3楼2013-08-30 19:33:24
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
同意楼上观点,很可能是污染,但不一定在提取部分,重做PCR时注意更换枪头,同时设计一个只加水和引物,没有模板的对照组。
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
4楼2013-08-31 06:21:42
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