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学术问题

银虫 (小有名气)

[求助] 新手 荧光定量模板 问题? 切切!!

首先:我的对照组:把第0,1 2 ,……40天RNA进行等量混合后得到RNA混合样品 CK:浓度是284.6。。。(每天取400ng等量混合)
其次:实验组:也是第0,1,2,……40天RNA样品混合后得到RNA混合样品CU:浓度是322.4。。。(也是每天取400ng等量混合)
但是由于反转录效率等一系列原因 造成最后 实验组和对照组反转录后cDNA浓度不一样。
问题就来了:那么我上荧光的时候需不需要把实验组和对照组的模板 即:加的CDNA量 必须一致吗??比如 实验组模板cDNA加100ng,对照组也加模板cDNA 100ng。(如果不一样的话,那么本来实验组a基因表达微弱,但是加的模板比较多,所以检测出来就比对照组表达高)  不知道我的想法对不对呢???急急急
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微生物小硕
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
学术问题(myprayer代发): 金币+2, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你的更多精彩。 2013-07-26 08:58:32
反转录出来的cDNA样品的浓度根本不能定,因为有RNA和dNTP干扰。想比较的样品需要同时反转录,取相同量的RNA为模板。做绝对定量的话就只能靠这么做了,如果是相对定量,需要和内参比,就会消除因模板量稍有差异对结果的影响了。
2楼2013-07-26 01:16:20
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学术问题

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-26 01:16:20
反转录出来的cDNA样品的浓度根本不能定,因为有RNA和dNTP干扰。想比较的样品需要同时反转录,取相同量的RNA为模板。做绝对定量的话就只能靠这么做了,如果是相对定量,需要和内参比,就会消除因模板量稍有差异对结果 ...

我做的是相对定量啊   也就是说  做相对定量就不需要再去把cDNA调的一致了,是吧??
微生物小硕
3楼2013-07-26 08:29:10
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
学术问题: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-26 11:09:17
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-07-26 11:22:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by 学术问题 at 2013-07-26 08:29:10
我做的是相对定量啊   也就是说  做相对定量就不需要再去把cDNA调的一致了,是吧??...

不是这个意思。做定量要让模板的量是一致的,如果模板量相差很多会直接影响到扩增效率。标准曲线线性好扩增效率接近1也是在一定范围内的。但是从RNA反转录来的cDNA不能直接定量,需要消化掉RNA并经过纯化才能定量,没有人这样去做的。cDNA样品不能直接定量原因我前面已经解释了。所以要用同样量的RNA做反转录,为了保证效率一致,需要比较的样品最好同时做反转录。用内参去消除样品之间的微量差别也就是1与0.9,0.8的差别,不是1与10的差别。
4楼2013-07-26 09:42:37
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学术问题

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-26 09:42:37
不是这个意思。做定量要让模板的量是一致的,如果模板量相差很多会直接影响到扩增效率。标准曲线线性好扩增效率接近1也是在一定范围内的。但是从RNA反转录来的cDNA不能直接定量,需要消化掉RNA并经过纯化才能定量, ...

我就是这个样子啊  是用相同量的RNA 做的反转录   出来后测得cDNA的OD    对照组是920左右  实验组是890左右   这差距大吗? 我怎么做呢?十分感谢你!!!!
微生物小硕
5楼2013-07-26 11:07:41
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 学术问题 at 2013-07-26 11:07:41
我就是这个样子啊  是用相同量的RNA 做的反转录   出来后测得cDNA的OD    对照组是920左右  实验组是890左右   这差距大吗? 我怎么做呢?十分感谢你!!!!...

我已经说了,有RNA同时存在,你测的OD定量根本没有意义,而且反转录体系里面加了dNTP,在紫外有吸收。我已经强调过多次了,直接测cDNA的OD根本不与cDNA的量直接相关。你必须纯化样品才能测OD。没有人这样去做,我也建议你具体该怎么做了,你听不听是你自己的事情。
6楼2013-07-26 15:12:20
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学术问题

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-26 15:12:20
我已经说了,有RNA同时存在,你测的OD定量根本没有意义,而且反转录体系里面加了dNTP,在紫外有吸收。我已经强调过多次了,直接测cDNA的OD根本不与cDNA的量直接相关。你必须纯化样品才能测OD。没有人这样去做,我也 ...

本人新手不是!!  那我在细细 分析分析你的话!! 还是感谢啊
微生物小硕
7楼2013-07-26 19:48:22
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