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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 关于蛋白序列分析与鉴定的问题，求指教
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applin

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于蛋白序列分析与鉴定的问题，求指教

实验室之前从板蓝根里分离了一个蛋白，进行了N端测序测出了1到10的序列为：QIGEFATAPF，大小为6.87kDa，现在我导师要我利用这10个序列来分析下这是哪种蛋白。我的问题就是我应该从哪些方面入手，需运用哪些工具怎么用，需要参考哪些文献。
  还有就是之前我去NCBI搜了下好像没有合适的，不知是我错了还是什么原因请大神指教啊，如果哪位大神NCBI到了合适了还烦请告诉我正确的辨别方法啊，我对这些东西不太熟。
  这是实验室之前一位师姐留下的数据，老师想让我分析完整，就是从理论上去分析。
  附上我的邮箱82984362@163.com  如果各位有什么相关的资料欢迎轰炸我的邮箱，拜谢

[ Last edited by applin on 2013-7-25 at 00:25 ]
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1楼 2013-07-25 00:23:14
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-07-25 10:27:57
楼主用BLAST是对的, 但是已知序列才10个氨基酸实在太短了. 楼主要想办法知道多一些序列才行.
我不知道板蓝根基因组测序了没, 如果有的话, 或者是板蓝根近亲有被测序, 楼主可以试试tblastn在基因组上找找看有无可能找到全长.
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2楼2013-07-25 02:08:36
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robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-07-25 10:28:13
Since you could not find the possible gene by blast. I think you can first clone this gene out by using a degenerate primer according to this peptide sequence, then you can analyze.
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immunologyparasite
3楼2013-07-25 03:47:53
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applin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bullfrog325 at 2013-07-25 02:08:36
楼主用BLAST是对的, 但是已知序列才10个氨基酸实在太短了. 楼主要想办法知道多一些序列才行.
我不知道板蓝根基因组测序了没, 如果有的话, 或者是板蓝根近亲有被测序, 楼主可以试试tblastn在基因组上找找看有无可能 ...

现在的情况是数据已无法补足，因为这是2年前留下来的东西，所以我只能从这10个序列入手，不知有没相关文献可以参考的，就是有没有前人做过我这样的事，我想看看别人是怎么做的，拜谢
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4楼2013-07-25 14:50:30
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