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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 提取基因组，跑胶条带漂移，每次跑胶条带大小都不一样。
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a50044758

银虫 (小有名气)

[求助] 提取基因组，跑胶条带漂移，每次跑胶条带大小都不一样。

最近跑DNA胶很邪门，首先是基因组DNA的条带大小在不同的胶里跑得不一样。做3C-
library，所以在提取的过程中没有除去蛋白质，用裂解液裂解细胞后，离心收集细胞
核，再分别用SDS和Triton X-100裂解细胞核后跑的琼脂糖胶。
提取基因组，跑胶条带漂移，每次跑胶条带大小都不一样。
其中2，3泳道是刚提取完时跑的电泳条带，1，4孔道是将同样的样品放置6个小时左右
后跑的电泳条带，结果条带大小就发生了改变，有15000bp左右减小到了几百bp，而且
每次跑胶，电泳条带的大小都不固定，大多都只有几百bp，和基因组大小不符！

然后是回收cDNA500-700bp的带加adapter,扩PCR也出现这种飘移现象。到别的lab也试
了，还是这样。跑别的特异PCR扩增和酶切质粒都是好好地。真是邪门了。

请大家分析下是什么原因造成的。谢谢！
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1楼 2013-07-14 15:47:55
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loveskyzhou

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
a50044758(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-07-15 11:16:44
会不会有没有除净的蛋白质，没变性的核酸酶降解了你的DNA？？
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我会绕一个圈，走回到实验室
2楼2013-07-15 08:58:35
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a50044758

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by loveskyzhou at 2013-07-15 08:58:35
会不会有没有除净的蛋白质，没变性的核酸酶降解了你的DNA？？

降解的速度也太快了吧，才几个小时，而且我提取的基因组，同时跑两块胶，跑出的大小也不相同，实验卡在这里了，郁闷！
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3楼2013-07-15 10:01:27
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hyphen007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
帮楼主顶起来，请高手指点，我也想知道，呵呵
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4楼2013-07-15 12:15:47
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loveskyzhou

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
a50044758: 金币+1, ★★★很有帮助, 我打算把试剂全部重新配一遍，谢谢了！ 2013-07-18 22:37:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by a50044758 at 2013-07-15 10:01:27
降解的速度也太快了吧，才几个小时，而且我提取的基因组，同时跑两块胶，跑出的大小也不相同，实验卡在这里了，郁闷！...

同样的样品两块胶也不同？？？！！！会不会loading buffer啥的污染了。。。。。我也蒙圈了
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我会绕一个圈，走回到实验室
5楼2013-07-16 14:58:46
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sungel

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
a50044758: 金币+1, ★有帮助, 我打算把试剂全部重新配一遍，谢谢了！ 2013-07-18 22:37:02
实验试剂污染了吧，或者是琼脂糖有问题？
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6楼2013-07-16 16:15:03
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