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a50044758

银虫 (小有名气)

[求助] 求助:提取的总基因组,跑胶条带漂移,每次跑胶条带都不一样!!!

紧急求助
实验需要提取巨噬细胞的基因组,然后用内切酶进行酶切。
结果发现每次跑胶,同样的基因组样品跑的条带大小总是不一样,没有重复性,有时跑到10000多bp,有时又跑到了几百bp。
实验过程为
1.先用1%福尔马林对巨噬细胞进行胶连;
2.用2M的甘氨酸中和福尔马林;
3.用裂解液(500 μl 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 10 mM NaCl, 0.2% Igepal CA-630 and 50 μl protease inhibitors)对细胞进行裂解,释放细胞核;
4.加入SDS继续裂解细胞;
5.加入Triton X-100,中和SDS;
6.取样跑琼脂糖电泳进行检测。

电泳出现了很奇怪的现象,提取的基因组在不同时间的电泳条带不一样,稀释前和稀释后的条带也不一样,结果如下:
求助:提取的总基因组,跑胶条带漂移,每次跑胶条带都不一样!!!

2,3泳道是刚提取的基因组跑的琼脂糖胶,条带在15000bp左右,而1,4泳道是将提取的基因组放置一段时间(6个小时左右)后跑的琼脂糖胶,条带减小到了250-1000bp之间.

求助:提取的总基因组,跑胶条带漂移,每次跑胶条带都不一样!!!-1

把基因组酶切前的样品:切前1 和 切前2 稀释10倍后,条带大小由7500bp左右减小到了1000bp左右(条带:切前1×10和切前2×10),而且酶切前和酶切后的条带区别不大(见:切前1和切后1;切前2和切后2)。
很奇怪的现象,大家在实验中遇到过这样的问题吗?实验卡在这里,大家帮我分析下,谢谢!
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-11 12:19:38
无论多大的基因组,提出来的DNA一般都是几十kb,如果只有几百bp的,可能不是基因组DNA。用酶切过后的基因组应该变得比较弥散。我觉得你的方法中没有沉淀DNA的步骤,DNA一直在裂解液里面,你确定不会影响后面的酶切作用?任何酶在含有SDS的缓冲液里会变性的吧。
2楼2013-07-11 11:20:33
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yuxiongbao

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

会不会是基因组降解了啊  每次切的时间控制的一致吗
得不到的永远在骚动
3楼2013-07-19 10:43:26
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