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a50044758

银虫 (小有名气)

[求助] 提取基因组,跑胶条带漂移,每次跑胶条带大小都不一样。

最近跑DNA胶很邪门,首先是基因组DNA的条带大小在不同的胶里跑得不一样。做3C-
library,所以在提取的过程中没有除去蛋白质,用裂解液裂解细胞后,离心收集细胞
核,再分别用SDS和Triton X-100裂解细胞核后跑的琼脂糖胶。
提取基因组,跑胶条带漂移,每次跑胶条带大小都不一样。
其中2,3泳道是刚提取完时跑的电泳条带,1,4孔道是将同样的样品放置6个小时左右
后跑的电泳条带,结果条带大小就发生了改变,有15000bp左右减小到了几百bp,而且
每次跑胶,电泳条带的大小都不固定,大多都只有几百bp,和基因组大小不符!

然后是回收cDNA500-700bp的带加adapter,扩PCR也出现这种飘移现象。到别的lab也试
了,还是这样。跑别的特异PCR扩增和酶切质粒都是好好地。真是邪门了。

请大家分析下是什么原因造成的。谢谢!
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loveskyzhou

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
a50044758(myprayer代发): 金币+1, Gifts of roses, there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-07-15 11:16:44
会不会有没有除净的蛋白质,没变性的核酸酶降解了你的DNA??
我会绕一个圈,走回到实验室
2楼2013-07-15 08:58:35
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a50044758

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by loveskyzhou at 2013-07-15 08:58:35
会不会有没有除净的蛋白质,没变性的核酸酶降解了你的DNA??

降解的速度也太快了吧,才几个小时,而且我提取的基因组,同时跑两块胶,跑出的大小也不相同,实验卡在这里了,郁闷!
3楼2013-07-15 10:01:27
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hyphen007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
帮楼主顶起来,请高手指点,我也想知道,呵呵
4楼2013-07-15 12:15:47
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loveskyzhou

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


a50044758: 金币+1, ★★★很有帮助, 我打算把试剂全部重新配一遍,谢谢了! 2013-07-18 22:37:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by a50044758 at 2013-07-15 10:01:27
降解的速度也太快了吧,才几个小时,而且我提取的基因组,同时跑两块胶,跑出的大小也不相同,实验卡在这里了,郁闷!...

同样的样品两块胶也不同???!!!会不会loading buffer啥的污染了。。。。。我也蒙圈了
我会绕一个圈,走回到实验室
5楼2013-07-16 14:58:46
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sungel

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
a50044758: 金币+1, 有帮助, 我打算把试剂全部重新配一遍,谢谢了! 2013-07-18 22:37:02
实验试剂污染了吧,或者是琼脂糖有问题?
6楼2013-07-16 16:15:03
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