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linyusuc

银虫 (小有名气)

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[求助] gromacs索引文件的问题

请教各位大侠，最近遇到了一个非常棘手的问题，已经尝试了很多次，但是还是没有成功，恳请各位帮帮忙！
gromacs是如何计算分子内氢键的，比如说甘油分子内的氢键的，这种如何在索引文件中定义同一个分子的呢？

gromacs对于同种分子的分子之间的原子之间的径向分布函数是如何计算的？
如何在索引文件中定义的是两个不同分子之间的同一种类的原子的选择的呢？

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1楼 2013-07-07 18:21:41

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jerkwin

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linyusuc: 金币+3, ★★★很有帮助, 你好，可以详细说一下方法吗，因为我也是刚开始学习gromacs，并不是很明白您说的 2013-07-10 12:35:36

把要计算的原子赋予不同的命名，写在ndx文件里

赞一下(1人)

2楼2013-07-07 22:44:57

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jerkwin

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【答案】应助回帖

ndx文件中的编号是随意的，你可以任意指定。
你的问题也没说清楚，没有更多建议

3楼2013-07-10 20:39:07

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