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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » DGGE技术大虾请进
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胡小喜

新虫 (小有名气)

[求助] DGGE技术大虾请进

最近做细菌DGGE，发现下半部分的条带老是分不开，好像亮带成一团了。请大虾们教教我怎么调整变性剂浓度，才能把条带分开。我是用40-55%的变性剂浓度，8%的聚丙烯酰胺胶，150v电泳5h。请大虾们帮我分析下，怎样调整能把条带分开的漂亮点，谢谢！
DGGE技术大虾请进
IMG_4676.JPG
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1楼 2013-06-26 00:16:22
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-06-28 19:46:07
胡小喜: 金币+3, ★有帮助 2013-07-01 18:45:29
调整梯度，60，另外，跑的时间增加到8小时看看。建议不用dgge做多样性了，发sci的话比较老了，要加定量估计还差不多。建议高通量

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2楼2013-06-28 15:04:31
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jkf881213

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议你做T-RFLP分析也可以的。比DGGE要精确，而且便宜
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3楼2013-06-28 21:14:19
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

TRFlp分析如果要确定条带信息的话也需要进行克隆测序，而且引物，基因组浓度，扩增条件对结果影响大，高通量是大趋势，看看近两年发表的文章就知道了，而且一个样本如果只做测序，不做分析也就1500左右。

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胡小喜
4楼2013-06-29 15:28:40
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elbo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请问你做什么环境微生物多样性？

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5楼2013-06-29 15:29:57
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胡小喜

新虫 (小有名气)
送红花一朵
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4楼: Originally posted by elbo at 2013-06-29 15:28:40
TRFlp分析如果要确定条带信息的话也需要进行克隆测序，而且引物，基因组浓度，扩增条件对结果影响大，高通量是大趋势，看看近两年发表的文章就知道了，而且一个样本如果只做测序，不做分析也就1500左右。
...

谢谢！高通量测序确实比较兴起，但我的样品提到的DNA量少，经过两轮扩增才能在琼脂糖上显示，不知道能不能拿去检测。高通量对DNA的质量和数目有没有特别要求呢
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6楼2013-07-01 18:49:46
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胡小喜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by elbo at 2013-06-29 15:29:57
请问你做什么环境微生物多样性？

做的发酵液里面的微生物
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7楼2013-07-01 18:50:19
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胡小喜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jkf881213 at 2013-06-28 21:14:19
建议你做T-RFLP分析也可以的。比DGGE要精确，而且便宜

实验室没有DNA测序仪这种东西呢
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8楼2013-07-01 18:51:03
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胡小喜

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by elbo at 2013-06-28 15:04:31
调整梯度，60，另外，跑的时间增加到8小时看看。建议不用dgge做多样性了，发sci的话比较老了，要加定量估计还差不多。建议高通量

啊，生物技术确实更新很快，DGGE也过时了，我们实验室还在起始阶段啊，要加紧脚步了
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9楼2013-07-01 18:52:57
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elbo

金虫 (小有名气)
什么环境里面dna这么难提啊，传统方法应该没问题吧，另外可以考虑试剂盒。有点基因组DNA就可以的。高通量你送pcr产物可以的。

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10楼2013-07-01 18:53:19
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