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sayerqq

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问哪位可以帮帮我,看看问题出在哪里?

最近我在用pcDNA3.1-EGFP载体与一个1.8k左右的片段连接,但连接了一个月了,还是没有连上,想请教一下大家问题出在哪里?
首先,我讲一下我的实验流程:
1、设计引物扩增出该基因引物,
2、提取RNA,反转录成cDNA,PCR扩增目的片段
3、将目的片段胶回收后连入T载体,检验正确后测序
4、测序正确后,用EcoR I和Hind III 双酶切连接了目的条带的T载体,同时也双酶切了pcDNA3.1-EGFP载体,
5、胶回收了酶切后的1.8k片段和pcDNA3.1-EGFP切开后的片段
6、T4连接酶过夜连接
7、转化、涂板后挑单克隆
8、菌落pcr鉴定,质粒提取鉴定
9、测序鉴定
接下来,我讲一下遇到的问题,在第8步的验证都非常正确,而测序的时候却总是不对,测序的结果显示是一堆大肠杆菌的基因组,我不知道问题出在什么地方,请各位高手指导一下。上传一下第八步的验证图供参考。另外,为什么pcDNA3.1-EGFP与目的片段连接效率怎么这么低呢?我挑了124个单克隆,只出来一个。
请问哪位可以帮帮我,看看问题出在哪里?
L12酶切和质粒酶切.jpg


请问哪位可以帮帮我,看看问题出在哪里?-1
PC3.1、L12酶切图.jpg


请问哪位可以帮帮我,看看问题出在哪里?-2
菌落PCR.jpg
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-06-13 04:25:42
基因是从atg开始扩增的吗?
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-12 23:32:43
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sayerqq

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-12 23:32:43
基因是从atg开始扩增的吗?

不是,ATG前面加了酶切位点
3楼2013-06-13 07:52:20
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

pcDNA3.1-EGFP与目的片段 连接效率本来就很低的,阳性克隆就很少,你124个出一个也属于正常,但是这一也可能是假阳性的~~
总有一天我要修改用户名。
4楼2013-06-13 08:43:17
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孤星吟月

金虫 (初入文坛)

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-04 08:49:38
我以前做不带GFP的载体连接的,个人觉得你第5步到8之间可能有问题,5中目的条带的回收率可能不高,连接时候目的条带和载体的比例可能有问题,可能是载体酶切体系里载体过多,没有切开,如果切开的话连接转化挑选单克隆应该不会有这么低的阳性率。
5楼2013-07-03 16:14:34
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zhouking8758

木虫 (正式写手)

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-04 08:49:44
酶切鉴定和PCR鉴定均是对的啊。你提取的质粒纯不?
如果这个克隆好做,可以重新做一遍。如果不好做,可以尝试换个测序引物和测序公司。
PS:为啥不测TA克隆上的片段序列呢?如果你的TA克隆时就已经与大肠杆菌基因组发生了重组,而且大小刚好吻合,那么后续的克隆肯定有问题啊。
PS之PS:一般经过PCR过程的克隆才测序,而酶切酶连的克隆是不需要测序的。
6楼2013-07-03 16:37:01
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wangleisdnu

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-04 08:49:53
一百多个得到一个,效率太低了,而且可能转到细胞内表达都是问题。如果是我的话,我会选择从头开始,如果时间安排紧凑三五天就可以完成。
很明显你的L12没有任何问题,
pcDNA3.1-EGFP质粒最好重新转化一下,得到新制备的质粒进行酶切。可以选择一个引物测一下质粒,保证没有任何问题。
菌落pcr有时得到很多的假阳性,有时未连接的产物混到了菌落的周围,得到了错误的信号。
下次如果要做的话,PCR鉴定对的,提取质粒做个酶切,检测一下你的插入片段能不能被切下来
祝好运
有勇气去改变你可以改变的,有度量去容忍你不能改变的,有智慧去区分上面的两种情况http://bbs.bioon.net/bbs/?66210
7楼2013-07-04 00:48:40
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