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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 一个gjf文件，总是pending,各位帮我看看是什么问题？
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zyj8119

木虫 (著名写手)

[求助] 一个gjf文件，总是pending,各位帮我看看是什么问题？

CODE:
%mem=660MW
%nprocshared=16
# opt mp4(sdtq)/aug-cc-pvdz guess=save geom=connectivity

1.sdf

0 1
C                 -0.38250107   -3.85773161    0.00086200
C                  1.01265893   -3.85773161    0.00086200
C                  1.71019693   -2.64998061    0.00086200
C                  1.01254293   -1.44147161   -0.00033700
C                 -0.38228207   -1.44154961   -0.00081600
C                 -1.07988307   -2.64975561    0.00018000
H                 -0.93226007   -4.81004861    0.00131200
H                  1.56216693   -4.81024461    0.00217700
H                  1.56274293   -0.48932861   -0.00039600
H                 -2.17948707   -2.64957261    0.00000000
C                 -1.15262026   -0.10806646   -0.00215049
C                 -2.54778011   -0.10848831   -0.00262933
C                 -0.45560329    1.10012023   -0.00276928
C                 -3.24568269    1.09905074   -0.00440859
H                 -3.09700001   -1.06116832   -0.00291849
C                 -1.15356935    2.30811554   -0.00355315
C                 -2.54839406    2.30777118   -0.00451097
H                 -4.34536238    1.09879743   -0.00542012
H                 -3.09888150    3.25974707   -0.00585477
C                 -0.38363432    3.64183216   -0.00365443
C                  1.01152535    3.64183277   -0.00269621
C                 -1.08101621    4.84980786   -0.00481528
C                  1.70906266    4.84958408   -0.00221701
H                  1.56103274    2.68932001   -0.00100390
C                 -0.38341522    6.05801416   -0.00533203
H                 -2.18061983    4.84999038   -0.00575050
C                  1.01140912    6.05809277   -0.00389504
H                  2.80874197    4.84966456   -0.00082773
H                 -0.93353685    7.01029492   -0.00666276
H                  1.56160861    7.01023601   -0.00357606
C                  1.08439635    1.10084249   -0.00198897
O                  1.73836940    2.13941171   -0.00249310
H                  1.56380723    0.09920403   -0.00090085
P                  3.53019662   -2.64984821    0.00191129
O                  4.17801534   -3.94932701    0.00307506
H                  3.78777747   -1.88220317    0.99394032
H                  3.78835552   -1.88351814   -0.99078024

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 34 1.0
4 5 1.5 9 1.0
5 6 1.5 11 1.0
6 10 1.0
7
8
9
10
11 12 1.5 13 1.5
12 14 1.5 15 1.0
13 16 1.5 31 1.0
14 17 1.5 18 1.0
15
16 17 1.5 20 1.0
17 19 1.0
18
19
20 21 1.5 22 1.5
21 23 1.5 24 1.0
22 25 1.5 26 1.0
23 27 1.5 28 1.0
24
25 27 1.5 29 1.0
26
27 30 1.0
28
29
30
31 32 2.0 33 1.0
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好好学习，天天向上。
1楼 2012-05-31 18:02:13
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-05-31 20:03:57
这种分子做mp4计算不pending的话，你的计算机可以替天行道了
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2012-05-31 19:41:53
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by beefly at 2012-05-31 19:41:53
这种分子做mp4计算不pending的话，你的计算机可以替天行道了

我是使用科学院的集群的，同时16个CPU跑，不知道为啥跑步起来。
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好好学习，天天向上。
3楼2012-05-31 19:56:39
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鱼妃

金虫 (著名写手)

挖坑不填

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我的个天啊 这么大的任务 用mp4 你才给人家600多MW和16核心 如果能跑得动就出鬼了
原因就一条：这个计算任务所要求的资源，远远大于你给人家的资源
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己所不欲，勿施于人；己所欲者，亦勿施人。无论穷达，但守本分；八风不动，独善自身。
4楼2012-05-31 20:24:16
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 鱼妃 at 2012-05-31 20:24:16
我的个天啊 这么大的任务 用mp4 你才给人家600多MW和16核心 如果能跑得动就出鬼了
原因就一条：这个计算任务所要求的资源，远远大于你给人家的资源

多谢指教，呵呵。。。
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好好学习，天天向上。
5楼2012-05-31 20:28:41
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 鱼妃 at 2012-05-31 20:24:16
我的个天啊 这么大的任务 用mp4 你才给人家600多MW和16核心 如果能跑得动就出鬼了
原因就一条：这个计算任务所要求的资源，远远大于你给人家的资源

做DFT应该就没有这些问题了吧，DFT可以计算这么大的资源吧，本来我是想用MP4尝试下看看是否算的动。
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好好学习，天天向上。
6楼2012-05-31 20:39:25
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zyj8119 at 2012-05-31 20:39:25
做DFT应该就没有这些问题了吧，DFT可以计算这么大的资源吧，本来我是想用MP4尝试下看看是否算的动。...

%chk=5.chk
%mem=800MW
%nprocshared=16
# opt b3lyp/aug-cc-pvdz guess=save pop=savenbo geom=connectivity
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好好学习，天天向上。
7楼2012-05-31 20:45:38
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
gaussian的post-HF并行很差，大的体系，如果cpu个数设置多了，效率反而下降。你先查一下16个cpu利用率能否达到10。可能用linda做并行会好一些。

gaussian的mp4(sdtq)没有解析梯度，算这么多结构变量几乎不可能。还不如用有解析梯度的mp4(sdq)或ccsd做优化。

如果非要用数值梯度做优化，需要定义优化变量。你的输入文件没有需要优化的变量。

另外这个结构很不好，有原子几乎重合，应该先用便宜的方法预优化。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
8楼2012-06-01 00:41:35
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by beefly at 2012-06-01 00:41:35
gaussian的post-HF并行很差，大的体系，如果cpu个数设置多了，效率反而下降。你先查一下16个cpu利用率能否达到10。可能用linda做并行会好一些。

gaussian的mp4(sdtq)没有解析梯度，算这么多结构变量几乎不可能。 ...

用什么办法预优化呢？
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好好学习，天天向上。
9楼2012-06-01 11:22:02
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zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by beefly at 2012-06-01 00:41:35
gaussian的post-HF并行很差，大的体系，如果cpu个数设置多了，效率反而下降。你先查一下16个cpu利用率能否达到10。可能用linda做并行会好一些。

gaussian的mp4(sdtq)没有解析梯度，算这么多结构变量几乎不可能。 ...

The electronic state of the initial guess is 1-A.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
用密度泛函优化结构也失败了，是不是真的是因为原子重合太厉害，导致能量高，优化不下来？
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好好学习，天天向上。
10楼2012-06-01 11:25:01
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