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一个gjf文件,总是pending,各位帮我看看是什么问题?
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zyj8119
木虫
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虫号: 664177
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性别: GG
专业: 理论和计算化学
[
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]
一个gjf文件,总是pending,各位帮我看看是什么问题?
CODE:
%mem=660MW
%nprocshared=16
# opt mp4(sdtq)/aug-cc-pvdz guess=save geom=connectivity
1.sdf
0 1
C -0.38250107 -3.85773161 0.00086200
C 1.01265893 -3.85773161 0.00086200
C 1.71019693 -2.64998061 0.00086200
C 1.01254293 -1.44147161 -0.00033700
C -0.38228207 -1.44154961 -0.00081600
C -1.07988307 -2.64975561 0.00018000
H -0.93226007 -4.81004861 0.00131200
H 1.56216693 -4.81024461 0.00217700
H 1.56274293 -0.48932861 -0.00039600
H -2.17948707 -2.64957261 0.00000000
C -1.15262026 -0.10806646 -0.00215049
C -2.54778011 -0.10848831 -0.00262933
C -0.45560329 1.10012023 -0.00276928
C -3.24568269 1.09905074 -0.00440859
H -3.09700001 -1.06116832 -0.00291849
C -1.15356935 2.30811554 -0.00355315
C -2.54839406 2.30777118 -0.00451097
H -4.34536238 1.09879743 -0.00542012
H -3.09888150 3.25974707 -0.00585477
C -0.38363432 3.64183216 -0.00365443
C 1.01152535 3.64183277 -0.00269621
C -1.08101621 4.84980786 -0.00481528
C 1.70906266 4.84958408 -0.00221701
H 1.56103274 2.68932001 -0.00100390
C -0.38341522 6.05801416 -0.00533203
H -2.18061983 4.84999038 -0.00575050
C 1.01140912 6.05809277 -0.00389504
H 2.80874197 4.84966456 -0.00082773
H -0.93353685 7.01029492 -0.00666276
H 1.56160861 7.01023601 -0.00357606
C 1.08439635 1.10084249 -0.00198897
O 1.73836940 2.13941171 -0.00249310
H 1.56380723 0.09920403 -0.00090085
P 3.53019662 -2.64984821 0.00191129
O 4.17801534 -3.94932701 0.00307506
H 3.78777747 -1.88220317 0.99394032
H 3.78835552 -1.88351814 -0.99078024
1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0
3 4 1.5 34 1.0
4 5 1.5 9 1.0
5 6 1.5 11 1.0
6 10 1.0
7
8
9
10
11 12 1.5 13 1.5
12 14 1.5 15 1.0
13 16 1.5 31 1.0
14 17 1.5 18 1.0
15
16 17 1.5 20 1.0
17 19 1.0
18
19
20 21 1.5 22 1.5
21 23 1.5 24 1.0
22 25 1.5 26 1.0
23 27 1.5 28 1.0
24
25 27 1.5 29 1.0
26
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28
29
30
31 32 2.0 33 1.0
32
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34 35 2.0 36 1.0 37 1.0
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好好学习,天天向上。
1楼
2012-05-31 18:02:13
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beefly
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gaussian的post-HF并行很差,大的体系,如果cpu个数设置多了,效率反而下降。你先查一下16个cpu利用率能否达到10。可能用linda做并行会好一些。
gaussian的mp4(sdtq)没有解析梯度,算这么多结构变量几乎不可能。还不如用有解析梯度的mp4(sdq)或ccsd做优化。
如果非要用数值梯度做优化,需要定义优化变量。你的输入文件没有需要优化的变量。
另外这个结构很不好,有原子几乎重合,应该先用便宜的方法预优化。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
8楼
2012-06-01 00:41:35
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2012-05-31 20:03:57
这种分子做mp4计算不pending的话,你的计算机可以替天行道了
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼
2012-05-31 19:41:53
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2楼
:
Originally posted by
beefly
at 2012-05-31 19:41:53
这种分子做mp4计算不pending的话,你的计算机可以替天行道了
我是使用科学院的集群的,同时16个CPU跑,不知道为啥跑步起来。
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3楼
2012-05-31 19:56:39
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我的个天啊 这么大的任务 用mp4 你才给人家600多MW和16核心 如果能跑得动就出鬼了
原因就一条:这个计算任务所要求的资源,远远大于你给人家的资源
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己所不欲,勿施于人;己所欲者,亦勿施人。无论穷达,但守本分;八风不动,独善自身。
4楼
2012-05-31 20:24:16
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