应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 一个gjf文件，总是pending,各位帮我看看是什么问题？
172/2返回列表上一页12
查看: 1691  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
初始构型极差
用这个构型吧
========mol文件开始===========
1.sdf

Created by GaussView 5.0.8
37 39  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
   -3.6718   -3.2393    2.1387 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.5767   -4.0867    2.3093 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3046   -3.6700    1.9175 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.1275   -2.4059    1.3537 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.2225   -1.5590    1.1827 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.4947   -1.9756    1.5756 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.6746   -3.5679    2.4481 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.7165   -5.0826    2.7540 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.1245   -2.0776    1.0448 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.3578   -1.3077    1.4409 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.0275   -0.1639    0.5605 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.2926    0.0390   -0.7942 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.5860    0.8970    1.3512 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.1156    1.3023   -1.3580 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.6400   -0.7978   -1.4174 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4097    2.1609    0.7875 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.6743    2.3637   -0.5669 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.3239    1.4621   -2.4259 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.5348    3.3597   -1.0117 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9228    3.3321    1.6609 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.4086    3.7440    1.5961 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.8127    3.9810    2.5168 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.8500    4.8043    2.3874 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.1101    3.2317    0.9218 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.3715    5.0422    3.3077 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.8621    3.6565    2.5679 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.0404    5.4538    3.2433 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.8996    5.1286    2.3369 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.0735    5.5540    3.9821 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.3079    6.2898    3.8671 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.2935    0.6734    2.8465 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9035    1.5773    3.5794 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.4589   -0.3601    3.2176 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.1242   -4.7749    2.1410 P   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.1466   -6.0720    2.7346 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.9405   -4.0168    2.7725 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.6329   -4.7792    0.9660 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  6  1  0  0  0  0
  1  7  1  0  0  0  0
  2  3  1  0  0  0  0
  2  8  1  0  0  0  0
  3  4  1  0  0  0  0
  3 34  1  0  0  0  0
  4  5  1  0  0  0  0
  4  9  1  0  0  0  0
  5  6  1  0  0  0  0
  5 11  1  0  0  0  0
  6 10  1  0  0  0  0
11 12  1  0  0  0  0
11 13  1  0  0  0  0
12 14  1  0  0  0  0
12 15  1  0  0  0  0
13 16  1  0  0  0  0
13 31  1  0  0  0  0
14 17  1  0  0  0  0
14 18  1  0  0  0  0
16 17  1  0  0  0  0
16 20  1  0  0  0  0
17 19  1  0  0  0  0
20 21  1  0  0  0  0
20 22  1  0  0  0  0
21 23  1  0  0  0  0
21 24  1  0  0  0  0
22 25  1  0  0  0  0
22 26  1  0  0  0  0
23 27  1  0  0  0  0
23 28  1  0  0  0  0
25 27  1  0  0  0  0
25 29  1  0  0  0  0
27 30  1  0  0  0  0
31 32  1  0  0  0  0
31 33  1  0  0  0  0
34 35  1  0  0  0  0
34 36  1  0  0  0  0
34 37  1  0  0  0  0
赞一下 回复此楼
11楼2012-06-01 13:02:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-06-01 13:02:36
初始构型极差
用这个构型吧
========mol文件开始===========
1.sdf

Created by GaussView 5.0.8
37 39  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
   -3.6718   -3.2393    2.1387 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0   ...

谢谢兄台的回复！
回复此楼
好好学习，天天向上。
12楼2012-06-01 13:37:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-06-01 13:02:36
初始构型极差
用这个构型吧
========mol文件开始===========
1.sdf

Created by GaussView 5.0.8
37 39  0  0  0  0  0  0  0  0  0    0
   -3.6718   -3.2393    2.1387 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0   ...

用了你的构型，但是计算突然中止了，
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 9.98D-02 ExpMax= 1.94D+04 ExpMxC= 2.91D+03 IAcc=2 IRadAn=         4 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         4 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           4 NGrid=           0.
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=372098091.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
计算的gjf文件是这样的：
%mem=4GB
%nprocshared=16
%chk=10.chk
# opt b3lyp/6-31g freq guess=save pop=(savenbo,reg) geom=connectivity polar

10.sdf

0 1
C                 -3.67180000   -3.23930000    2.13870000
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
13楼2012-06-01 15:04:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by zyj8119 at 2012-06-01 15:04:24
用了你的构型，但是计算突然中止了，
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 9.98D-02 ExpMax= 1.94D+04 ExpMxC= 2.91D+03 IAcc=2 IRadAn=         4 AccDes= 0.00D+0 ...

gjf文件修改成这样
%chk=10.chk
%mem=1000MW
%nprocshared=16
#p opt b3lyp/6-31g nosymm SCF=QC freq guess=save pop=(savenbo,reg) geom=connectivity polar

10.sdf

0 1
C                 -3.67180000   -3.23930000    2.13870000
C                 -2.57670000   -4.08670000    2.30930000
结果却是这样：

     Eigenvalues ---    0.25000   0.25000   0.28519   0.28523   0.28523
     Eigenvalues ---    0.31810   0.31828   0.32548   0.33704   0.33713
     Eigenvalues ---    0.33716   0.33716   0.33716   0.33717   0.33717
     Eigenvalues ---    0.33721   0.33722   0.33724   0.33725   0.33726
     Eigenvalues ---    0.42123   0.42207   0.42302   0.42380   0.42406
     Eigenvalues ---    0.42407   0.46412   0.46413   0.46413   0.46448
     Eigenvalues ---    0.46454   0.46457   0.46465   0.46468   0.46470
     Eigenvalues ---    0.46496   0.46498   0.46499   0.92219   0.95073
RFO step:  Lambda=-9.98685451D-02 EMin= 2.36787143D-03
Linear search not attempted -- first point.
Maximum step size (   0.300) exceeded in Quadratic search.
    -- Step size scaled by   0.685
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
14楼2012-06-01 16:25:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pw91

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
14楼: Originally posted by zyj8119 at 2012-06-01 16:25:30
gjf文件修改成这样
%chk=10.chk
%mem=1000MW
%nprocshared=16
#p opt b3lyp/6-31g nosymm SCF=QC freq guess=save pop=(savenbo,reg) geom=connectivity polar

10.sdf

0 1
C                 -3.67180 ...

明明是自己的问题，居然去说是因为用了人家的构型才这样的，我先晕一会儿吧

你的问题如下
#p opt b3lyp/6-31g nosymm SCF=QC freq guess=save pop=(savenbo,reg) geom=connectivity polar
我的天啊 你生怕你的电脑不会被累死么？你加这么多任务给高斯干什么，我汗
你这个分子又没有什么特殊原子和特殊结构，难道很难收敛么？你加scf=qc不就是在给高斯找麻烦么？
你opt还没做好呢，先去掉freq再说。
你没事干了去save你的guess干什么？
你有必要在一开始就去计算nbo的pop么？而且还要求记录你的nbo轨道，你到底想干什么？
你不就是opt么，你却算polar干什么？
以上这些东西都是你有了正经的构型才去考虑的东西。
直接把你的命令行改成
#p opt b3lyp/6-31g 如果你要保留分子说明后面的连接信息的话，就留着 geom=connectivity ，否则连它也删掉，不信跑不起来，然后有了好的构型之后你再去验证freq，然后freq验证无误你再去计算其他关键字即可。
你先去学习一下《Exploring Chemistry with Electronic Structure》这本书再来折腾吧。这本书是高斯公司自己出版的高斯教材，盗版连接嘛网上一搜一大堆。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
15楼2012-06-01 20:39:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by pw91 at 2012-06-01 20:39:33
明明是自己的问题，居然去说是因为用了人家的构型才这样的，我先晕一会儿吧

你的问题如下
#p opt b3lyp/6-31g nosymm SCF=QC freq guess=save pop=(savenbo,reg) geom=connectivity polar
我的天啊 你生怕你的 ...

好，谢谢，看来一次性解决不了，呵呵，谢谢了。
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
16楼2012-06-01 21:28:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by pw91 at 2012-06-01 20:39:33
明明是自己的问题，居然去说是因为用了人家的构型才这样的，我先晕一会儿吧

你的问题如下
#p opt b3lyp/6-31g nosymm SCF=QC freq guess=save pop=(savenbo,reg) geom=connectivity polar
我的天啊 你生怕你的 ...

修改成p opt b3lyp/6-31g(d)就可以了，是不是其中有了P原子后，只能这么办？
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
17楼2012-06-01 22:01:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zyj8119 的主题更新
172/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭