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yangzuyou

木虫 (小有名气)

[求助] 用MEGA5.10进化树构建,急

Lys-3003菌16S rDNA测序结果
ACGGTCACTTCGGCGGCTGGCTCATAAAGGTTACCTCACCGACTTCGGGTGTTACAAACTCTCGTGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGGCATGCTGATCCGCGATTACTAGCGATTCCAGCTTCACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATCCGAACTGAGAACAGATTTGTGGGATTGGCTTAACCTCGCGGTTTCGCTGCCCTTTGTTCTGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCcGGTTTGTCAcCGGCAGTCACCTTAGAGTGCCCaACTGAATGCTGGCAACTAAGATCAAGGGTTGCGCTCGTtGCGGGACTtAaCCCaACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACcACcTGTCACTCTGcCCCCGAAGGGGACGTCCTATCTCTAGGATTGTCAGAGGATGTCAAGACCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGTCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAGTGCTTAATGCGTTAGCTGCAGCACTAAGGGGCGGAAACCCCCTAACACTTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCACGCTTTCGCTCCTCAGCGTCAGTTACAGACCAGAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTCCTCTTCTGCACTCAAGTTCCCCAGTTTCCAATGACCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAGAAACCGCCTGCGAGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAaCGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTGGTTAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCCTATTTGAACGGCACTTGTTCTTCCCTAACAACAGAGCTTTACGATCCGAAAACCTTCATCACTCACGC-GGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCTACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTACGCATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCTCACCAACTAGCTAATGCGCCGCGGGTCCATCTGTAAGTGGTAGCCGAAGCCACCTTTTATGTCTGAACCATGCGGTTCAAACAACCATCCGGTATTAGCCCCGGTTTCCCGGAGTTATCCCAGTCTTACAGGCAGGTTACCCACGTGTTACTCACCCGTCCGCCGCTAACATCAGGGAGCAAGCTCCCATCTGTCCGCTCGACTGCATTATAAAGCACCCCCCCCTG


http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#444439690
上面是在ncbi比对的链接

怎样才能给Lys-3003菌构建一进化树?请各位大侠给新手以指导!谢谢!
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yitiandeng

木虫 (著名写手)

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yangzuyou: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2013-06-18 22:45:39
NCBI blast就有的 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/treeview/treeView.cgi,没有尾巴那个就是你的序列
但是如果是要做的比较严密的话要看E值和coverage
2楼2013-06-08 08:46:57
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weiyasong

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
yangzuyou: 金币+5, ★有帮助, 谢谢 2013-06-18 22:45:57
你可以根据我发的这个试一试,有问题的话在交流……

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  • 2013-06-08 16:22:04, 1.45 M
3楼2013-06-08 16:22:33
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