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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 谁遇到过Gromacs断电后继续跑 但分析RMSD时RMSD不连续的问题啊 求大神解答
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gss0840401

新虫 (初入文坛)

[求助] 谁遇到过Gromacs断电后继续跑 但分析RMSD时RMSD不连续的问题啊 求大神解答

Gromacs断电后我用tpbconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.trr -e md_0_1.edr -time 19890 -o newmd_0_1.tpr
mpirun -np 8 mdrun -deffnm newmd_0_1&接着跑
但分析RMSD时 前后的RMSD不是连续的 这是怎么回事呢 求大神解答啊啊啊
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1楼 2013-05-30 18:39:35
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-05-31 08:13:45
不太清楚在GROMACS中是否有命令可以把断开的轨迹文件合并成一条轨迹，至少我在用AMBER做模拟的时候，这种情况我是遇到过的。我把断开的轨迹用AMBER中的命令合并成一条轨迹，之后的分析就没有问题了。另外，你断电之后进行的续算，输入配置文件用的是一致的么？或者说，有在每一次模拟开始时候，随机设定速度的选项。这个我觉得也会对断电之后的续算产生影响吧！个人见解，说的不对见谅！
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努力的生活着
2楼2013-05-30 21:53:33
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gss0840401

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-05-30 21:53:33
不太清楚在GROMACS中是否有命令可以把断开的轨迹文件合并成一条轨迹，至少我在用AMBER做模拟的时候，这种情况我是遇到过的。我把断开的轨迹用AMBER中的命令合并成一条轨迹，之后的分析就没有问题了。另外，你断电之 ...

谢谢回复啊 可以合轨迹 但是合后的结果也是不连续的
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3楼2013-06-02 08:26:12
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