应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 谁遇到过Gromacs断电后继续跑 但分析RMSD时RMSD不连续的问题啊 求大神解答
31/1返回列表
查看: 1352  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gss0840401

新虫 (初入文坛)

[求助] 谁遇到过Gromacs断电后继续跑 但分析RMSD时RMSD不连续的问题啊 求大神解答

Gromacs断电后我用tpbconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.trr -e md_0_1.edr -time 19890 -o newmd_0_1.tpr
mpirun -np 8 mdrun -deffnm newmd_0_1&接着跑
但分析RMSD时 前后的RMSD不是连续的 这是怎么回事呢 求大神解答啊啊啊
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-30 18:39:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2013-05-31 08:13:45
不太清楚在GROMACS中是否有命令可以把断开的轨迹文件合并成一条轨迹，至少我在用AMBER做模拟的时候，这种情况我是遇到过的。我把断开的轨迹用AMBER中的命令合并成一条轨迹，之后的分析就没有问题了。另外，你断电之后进行的续算，输入配置文件用的是一致的么？或者说，有在每一次模拟开始时候，随机设定速度的选项。这个我觉得也会对断电之后的续算产生影响吧！个人见解，说的不对见谅！
赞一下 回复此楼
努力的生活着
2楼2013-05-30 21:53:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gss0840401

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-05-30 21:53:33
不太清楚在GROMACS中是否有命令可以把断开的轨迹文件合并成一条轨迹，至少我在用AMBER做模拟的时候，这种情况我是遇到过的。我把断开的轨迹用AMBER中的命令合并成一条轨迹，之后的分析就没有问题了。另外，你断电之 ...

谢谢回复啊 可以合轨迹 但是合后的结果也是不连续的
赞一下 回复此楼
3楼2013-06-02 08:26:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gss0840401 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 333求调剂 +5 87639 2026-03-21 7/350 2026-03-21 19:31 by ColorlessPI
[考研] 化学调剂 +4 yzysaa 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:35 by 学员8dgXkO
[考研] 【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂 +11 吃吃吃才有意义 2026-03-19 11/550 2026-03-21 18:23 by 学员8dgXkO
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +6 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-21 17:21 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境总分308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-20 7/350 2026-03-21 16:36 by barlinike
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 梁梁校校 2026-03-17 9/450 2026-03-21 02:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300（化学）304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 350求调剂 +5 weudhdk 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 北科281学硕材料求调剂 +5 tcxiaoxx 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 085600材料与化工调剂 324分 +10 llllkkkhh 2026-03-18 12/600 2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭