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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 如何通过16SrDNA鉴定菌种
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匿名

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1楼 2013-04-21 14:18:52
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mmaihjh

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励新虫应助！ 2013-04-22 17:28:35
我想对肠道细菌的16sr DNA序列 进行细菌按门科属分类，有文献说用到QIIME软件，但网上此软件下载安装极其麻烦，请问有没有知道简易的方法的
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4楼2013-04-22 11:38:43
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见神一笑

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助！ 2013-04-22 17:28:13
wangzefu: 金币+2 2013-05-07 10:36:11
不太清楚楼主的目的是什么，是想建文库分析群落多样性，还是只想看其中有无新种的可能？如果楼主想要做的是16S rRNA文库，可以用软件来分析，（你这个应该不能叫鉴定吧，都木有纯培养）用Mega软件比对和建系统发育树，然后用Dotur软件分析OTU，用rarefaction analysis 软件分析饱和度。如果单纯想看有无新种，也建议先有Mega软件比对，比对后就可以将序列分类，然后从每一类选取几个代表序列做个NCBI比对，如果最高相似性在97%以下，很有可能是新种。
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3楼2013-04-21 19:55:09
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mmaihjh at 2013-04-22 11:38:43
我想对肠道细菌的16sr DNA序列 进行细菌按门科属分类，有文献说用到QIIME软件，但网上此软件下载安装极其麻烦，请问有没有知道简易的方法的

Dotur软件应该可以
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5楼2013-04-23 08:07:54
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馨沁

木虫 (小有名气)
★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
测序结果用BLAST软件在GenBank进行同源性比较，采用MEGA 4.0软件进行多序列比对
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6楼2013-04-23 19:39:01
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