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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 如何通过16SrDNA鉴定菌种
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1楼 2013-04-21 14:18:52
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见神一笑

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助！ 2013-04-22 17:28:13
wangzefu: 金币+2 2013-05-07 10:36:11
不太清楚楼主的目的是什么，是想建文库分析群落多样性，还是只想看其中有无新种的可能？如果楼主想要做的是16S rRNA文库，可以用软件来分析，（你这个应该不能叫鉴定吧，都木有纯培养）用Mega软件比对和建系统发育树，然后用Dotur软件分析OTU，用rarefaction analysis 软件分析饱和度。如果单纯想看有无新种，也建议先有Mega软件比对，比对后就可以将序列分类，然后从每一类选取几个代表序列做个NCBI比对，如果最高相似性在97%以下，很有可能是新种。
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3楼2013-04-21 19:55:09
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mmaihjh

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励新虫应助！ 2013-04-22 17:28:35
我想对肠道细菌的16sr DNA序列 进行细菌按门科属分类，有文献说用到QIIME软件，但网上此软件下载安装极其麻烦，请问有没有知道简易的方法的
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4楼2013-04-22 11:38:43
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by mmaihjh at 2013-04-22 11:38:43
我想对肠道细菌的16sr DNA序列 进行细菌按门科属分类，有文献说用到QIIME软件，但网上此软件下载安装极其麻烦，请问有没有知道简易的方法的

Dotur软件应该可以
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5楼2013-04-23 08:07:54
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馨沁

木虫 (小有名气)
★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
测序结果用BLAST软件在GenBank进行同源性比较，采用MEGA 4.0软件进行多序列比对
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6楼2013-04-23 19:39:01
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carrieskl

木虫 (著名写手)
★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
只做过分离纯化和16s鉴定。。飘过=。=
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9楼2013-04-24 21:55:34
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yierangel

金虫 (小有名气)
★
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
新种鉴定必须是纯培养菌株，16S只是一个菌种的遗传特性，其他的生理代谢类型及特性都需要做的，所以说你如果只是单独一段序列是肯定不能说是新种的。
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10楼2013-05-03 14:09:34
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太行山1986

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1.只能鉴定到属，要鉴定种的话，要做很多生理生化指标的
2.选择同源性最高的那个
3.97%以下一般都新种，要是高于97%的低于98.5%的要做很多生理生化指标
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11楼2013-07-09 11:10:23
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z_xiang

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by carrieskl at 2013-04-24 21:55:34
只做过分离纯化和16s鉴定。。飘过=。=

我非生物专业小虫，我已经分离得到纯菌种，请问怎么通过16S鉴定？过程请详细解释下。。
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12楼2013-11-11 17:25:55
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carrieskl

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by z_xiang at 2013-11-11 17:25:55
我非生物专业小虫，我已经分离得到纯菌种，请问怎么通过16S鉴定？过程请详细解释下。。...

提DNA，有现成的试剂盒买，直接按说明书操作即可。
PCR 扩增16S片段（引物要查查文献 不同的菌种不大一样）。
送到基因公司测序。
拿到序列后到blast网站上比对就知道菌种了。
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13楼2013-11-11 22:59:07
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dllchina

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
用宏基因组技术来研究样品多样性，不是在这应助就可以解决的，你把问题分割一下，一个个问吧
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14楼2013-11-12 09:49:11
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丁香4525

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-04-21 19:55:09
不太清楚楼主的目的是什么，是想建文库分析群落多样性，还是只想看其中有无新种的可能？如果楼主想要做的是16S rRNA文库，可以用软件来分析，（你这个应该不能叫鉴定吧，都木有纯培养）用Mega软件比对和建系统发育树 ...

你好呀，
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15楼2013-11-13 20:31:08
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丁香4525

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 见神一笑 at 2013-04-21 19:55:09
不太清楚楼主的目的是什么，是想建文库分析群落多样性，还是只想看其中有无新种的可能？如果楼主想要做的是16S rRNA文库，可以用软件来分析，（你这个应该不能叫鉴定吧，都木有纯培养）用Mega软件比对和建系统发育树 ...

跪求指点，最近也做这方面内容，是新手
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16楼2013-11-13 20:33:35
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 丁香4525 at 2013-11-13 20:33:35
跪求指点，最近也做这方面内容，是新手...

具体哪方面的？
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17楼2013-11-14 09:27:02
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readytogo2楼
2013-04-21 14:49   回复  
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
haixiawu7楼
2013-04-24 00:49   回复  
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
yingying15888楼
2013-04-24 10:20   回复  
wangzefu(金币+1): 谢谢参与
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