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如何通过16SrDNA鉴定菌种
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1楼
2013-04-21 14:18:52
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wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励应助!
2013-04-22 17:28:13
wangzefu: 金币+2
2013-05-07 10:36:11
不太清楚楼主的目的是什么,是想建文库分析群落多样性,还是只想看其中有无新种的可能?如果楼主想要做的是16S rRNA文库,可以用软件来分析,(你这个应该不能叫鉴定吧,都木有纯培养)用Mega软件比对和建系统发育树,然后用Dotur软件分析OTU,用rarefaction analysis 软件分析饱和度。如果单纯想看有无新种,也建议先有Mega软件比对,比对后就可以将序列分类,然后从每一类选取几个代表序列做个NCBI比对,如果最高相似性在97%以下,很有可能是新种。
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3楼
2013-04-21 19:55:09
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mmaihjh
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wangzefu(金币+1): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励新虫应助!
2013-04-22 17:28:35
我想对肠道细菌的16sr DNA序列 进行细菌按门科属分类,有文献说用到QIIME软件,但网上此软件下载安装极其麻烦,请问有没有知道简易的方法的
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4楼
2013-04-22 11:38:43
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4楼
:
Originally posted by
mmaihjh
at 2013-04-22 11:38:43
我想对肠道细菌的16sr DNA序列 进行细菌按门科属分类,有文献说用到QIIME软件,但网上此软件下载安装极其麻烦,请问有没有知道简易的方法的
Dotur软件应该可以
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5楼
2013-04-23 08:07:54
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wangzefu(金币+1): 谢谢参与
测序结果用BLAST软件在GenBank进行同源性比较,采用MEGA 4.0软件进行多序列比对
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6楼
2013-04-23 19:39:01
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