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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » DS跑动力学，带水分子的蛋白的水需要删掉吗？
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liaibo

金虫 (小有名气)

[求助] DS跑动力学，带水分子的蛋白的水需要删掉吗？

rt，不删掉的话，后面还用加上NaCl溶液环境吗？
不删掉的话，后面跑平衡之前固定时要固定没删除的水分子嘛？
另外：我看的教程里面一个是平衡后直接production
一个是使用Standard Dynamics Cascade，里面多了个加热heating
使用哪个比较好？
最后：number of processors，看说明最多只能填2，我看教程里面填的8,8核，可能吗？
我的是ds2.5
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1楼 2013-04-10 17:35:20
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liaibo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-10 18:46:29
首先你说的蛋白质中的水分子，是蛋白质晶体结构中的结晶水吗？再说你提到的第二个问题。在进行动力学模拟的时候向水盒子中添加氯离子和钠离子一是为了起抗衡作用（即是模拟体系呈现电中性），二是为了模拟生理环境。 ...

Desmond用过吗？ 操作复不复杂？需要进行大量的md，但又怕安装操作麻烦
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3楼2013-04-10 21:00:40
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liaibo: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢回复 2013-04-10 20:59:06
首先你说的蛋白质中的水分子，是蛋白质晶体结构中的结晶水吗？再说你提到的第二个问题。在进行动力学模拟的时候向水盒子中添加氯离子和钠离子一是为了起抗衡作用（即是模拟体系呈现电中性），二是为了模拟生理环境。（至少我知道的加如抗衡离子的目的是这两个，也可能有其他的目的。）需不需要加抗衡离子，要看你自己的体系是什么样的。DS的分子动力学模拟采用的是CHARMM力场，计算速度的话还是稍微慢一点的。采用分步动力学模拟（就是你说的平衡之后直接production run），这样便于在计算出错的时候来进行续算。要是用Standard Dynamics Cascade的话就是每一步都是程序自动去计算，出错之后就不能续算了。（尤其是用DS做动力学模拟的时候，如果是在WIN环境下，还是比较容易出错的。）动力学过程需不需要加热，各有说法。就看你自己的选择了。反正一般做的时候都会是加热，平衡，然后production的。支不支持并行，要看你的DS中动力学模拟那个模块装没装并行。另外在WIN环境下进行并行计算容易出错。如果是LINUX的话，出错几率比较低。
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努力的生活着
2楼2013-04-10 18:46:29
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liaibo at 2013-04-10 21:31:43
谢谢回复，手边刚好装有Schrodinger（windows版），一看里面也有Desmond，今天先跑跑ds，看看 到底花多少时间，明天学学Desmond，看看怎么样，对linux系统实在是不感冒啊，曾经装了好多回。...

祝好运！
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努力的生活着
6楼2013-04-10 21:51:24
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yaozhq

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liaibo at 2013-04-10 21:31:43
谢谢回复，手边刚好装有Schrodinger（windows版），一看里面也有Desmond，今天先跑跑ds，看看 到底花多少时间，明天学学Desmond，看看怎么样，对linux系统实在是不感冒啊，曾经装了好多回。...

离开linux是没有继续深入做模拟的可能性的 win平台下那堆商业软件花哨是花哨 跑起来就像老牛一样 所以不管你感冒与否 如果要深入做 建议迁移 如果只是做点皮毛 在ds耗两个月拉倒
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liaibo
7楼2013-04-11 10:27:44
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