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liaibo

金虫 (小有名气)

[求助] DS跑动力学,带水分子的蛋白的水需要删掉吗?

rt,不删掉的话,后面还用加上NaCl溶液环境吗?
不删掉的话,后面跑平衡之前固定时要固定没删除的水分子嘛?
另外:我看的教程里面一个是平衡后直接production
一个是使用Standard Dynamics Cascade,里面多了个加热heating
使用哪个比较好?
最后:number of processors,看说明最多只能填2,我看教程里面填的8,8核,可能吗?
我的是ds2.5
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yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liaibo at 2013-04-10 21:31:43
谢谢回复,手边刚好装有Schrodinger(windows版),一看里面也有Desmond,今天先跑跑ds,看看 到底花多少时间,明天学学Desmond,看看怎么样,对linux系统实在是不感冒啊,曾经装了好多回。...

离开linux是没有继续深入做模拟的可能性的 win平台下那堆商业软件花哨是花哨 跑起来就像老牛一样 所以不管你感冒与否 如果要深入做 建议迁移 如果只是做点皮毛 在ds耗两个月拉倒

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2013-04-11 10:27:44
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yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by liaibo at 2013-04-11 21:03:44
谢谢提醒,今天装了ubuntu,渣网速下dasmod下了n久都没下好,ubuntu更新又更新了好久,结果一下手贱改了sudo的设置,sudo不能用了。。。只有重装了,其实接触linux好久了,最喜欢做的事就是cdlinux破人家的无线密码 ...

更新速度慢可以更换成国内的源,交大,中科大,网易的都可以的。
其实你改错了也没有必要说重装的,ubuntu有修复模式,可以直接进root,再改回来就行了
9楼2013-07-04 18:00:41
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