24小时热门版块排行榜    

查看: 2285  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

liaibo

金虫 (小有名气)

[求助] DS跑动力学,带水分子的蛋白的水需要删掉吗?

rt,不删掉的话,后面还用加上NaCl溶液环境吗?
不删掉的话,后面跑平衡之前固定时要固定没删除的水分子嘛?
另外:我看的教程里面一个是平衡后直接production
一个是使用Standard Dynamics Cascade,里面多了个加热heating
使用哪个比较好?
最后:number of processors,看说明最多只能填2,我看教程里面填的8,8核,可能吗?
我的是ds2.5
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liaibo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-10 18:46:29
首先你说的蛋白质中的水分子,是蛋白质晶体结构中的结晶水吗?再说你提到的第二个问题。在进行动力学模拟的时候向水盒子中添加氯离子和钠离子一是为了起抗衡作用(即是模拟体系呈现电中性),二是为了模拟生理环境。 ...

Desmond用过吗? 操作复不复杂?需要进行大量的md,但又怕安装操作麻烦
3楼2013-04-10 21:00:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liaibo

金虫 (小有名气)

内容已删除
5楼2013-04-10 21:31:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liaibo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by yaozhq at 2013-04-11 10:27:44
离开linux是没有继续深入做模拟的可能性的 win平台下那堆商业软件花哨是花哨 跑起来就像老牛一样 所以不管你感冒与否 如果要深入做 建议迁移 如果只是做点皮毛 在ds耗两个月拉倒...

谢谢提醒,今天装了ubuntu,渣网速下dasmod下了n久都没下好,ubuntu更新又更新了好久,结果一下手贱改了sudo的设置,sudo不能用了。。。只有重装了,其实接触linux好久了,最喜欢做的事就是cdlinux破人家的无线密码
8楼2013-04-11 21:03:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liaibo 的主题更新
信息提示
请填处理意见