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能否用multiwfn计算重叠布居电荷
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我又厚脸皮来了，还是关于zhou2009老师的“关于HF、H2O的电荷计算”帖子。 原帖中先是用multiwfn做出了Δρ图，据图分析了分子轨道的性质，然后用GsGrid计算各个轨道的重叠布居电荷。最近multiwfn加了盆积分功能，我想试试用multiwfn代替GsGrid计算上述重叠布居电荷。(不想重新学个软件了) 我的做法是，首先按之前sobereva专家给出的方法做Δρ图，只是在“减掉波函数”时选择功能5而不是4，生成格点文件。再选择功能17，对内存里的格点文件计算盆积分。 我用hf/sto-3g算了水分子的mo3和mo4： mo3的盆积分得到了两个积分值为0.32的盆 mo4的盆积分得到了一个积分值为0.29，一个为-0.32的盆 zhou2009老师帖子里的计算结果为 “MO3中H上电荷为0.2649。从它的Δρ得到所谓重叠布居电荷为0.6298” “MO4的O、H1、H2三者之间的重叠布居电荷为0.3293” 这样来看，mo3我得到的两个盆积分加和大约就是zhou2009老师帖子里的计算结果。而mo4就不好说了，我这里两个盆积分值加和，正负抵消成-0.03了。不知道-0.32的盆是不是就对应了O的电荷集中转移到2H上的值，可不可以理解成zhou2009老师帖子里说的mo4上的OH重叠布局全划分给H了，那么-0.32和zhou老师给出的0.3293对应呢？ 我自己无法准确判断，主要是因为我用高斯计算的水分子的mulliken布居分析结果和zhou2009老师帖子里的不太一致，那么就没法和帖子里的数据直接对应了，特来发问，求指教。 另附我计算的水分子优化后的坐标和mulliken布居分析，高斯版本是09W A02 Standard orientation: --------------------------------------------------------------------- Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z --------------------------------------------------------------------- 1 8 0 0.000000 0.000000 0.127185 2 1 0 0.000000 0.758222 -0.508739 3 1 0 0.000000 -0.758222 -0.508739 --------------------------------------------------------------------- Full Mulliken population analysis: 1 2 3 4 5 1 1 O 1S 2.10788 2 2S -0.10780 2.00685 3 2PX 0.00000 0.00000 2.00000 4 2PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.75079 5 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.17276 6 2 H 1S -0.00112 -0.02504 0.00000 0.16111 0.11889 7 3 H 1S -0.00112 -0.02504 0.00000 0.16111 0.11889 6 7 6 2 H 1S 0.62634 7 3 H 1S -0.04537 0.62634 |
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sobereva
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你不需要用主功能17来做盆积分。只要你用主功能5计算完了格点数据，屏幕上直接就会输出当前格点数据在整个空间的积分值。 如果你按照我之前给你回复的方法，但只是将主功能4改成了主功能5，那么这个积分值就是MO2当中O和两个氢这两个片段间的重叠布居值。 高斯输出的那个矩阵是考虑了所有轨道的，而且内容和你要分析的也不是一回事。 gsgrid早已并入Multiwfn作为主功能13了。主功能13比最后一个版本gsgrid的功能也要强大很多。所以没必要学也没必要用gsgrid。 如果你只想要得到某个MO当中某两个原子间的重叠布居值，那么最简单的方法就是载入fch文件，然后选7，再选5，之后选2。这时会输出gross atomic population matrix，这和高斯输出的Condensed to atoms矩阵是一致的，但这是考虑了所有轨道的结果。接下来选y，就会将每个轨道的贡献输出到当前目录的groatmdcp.txt当中。从中可以找到例如 ************ Orbital 2 Occ: 2.00000000 ************ 1 2 3 1 1.36473981 0.12815040 0.12815040 2 0.12815040 0.05514825 0.00618105 3 0.12815040 0.00618105 0.05514825 4 1.62104062 0.18947970 0.18947970 （最后一行是相应列的加和） 如果你想要得到MO2当中1和3号原子的重叠布居，那么就是0.12815040乘以2。 Multiwfn也可以获得特定MO当中基函数之间的重叠布居。对于Mulliken布居的分析，Multiwfn是现有任何程序中最强大的。 |
2楼2013-04-01 18:07:17
3楼2013-04-02 09:27:01
