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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？

本人非专业GAUSSIAN使用者，请问GAUSSIAN怎么计算overlap matrix ， molecular orbital coefficients and energies ？如果可以，请列出输入文件，谢谢！

F0= SCC
,没法显示……
where S is the intermolecular overlap matrix, and C and 
are the dimer Kohn-Sham orbital’s coefficients and energies.
The noninteracting molecular orbitals of the two individual
molecules are calculated separately by the standard self-
consistent field procedure. These noninteracting orbitals are
then used to construct the dimer Kohn-Fock matrix. Namely,
it takes directly the unperturbed individual molecule’s orbital
and density matrix to guarantee that originally, the two mol-
ecules are noninteracting, and only when putting them to-
gether, one can get interaction information with respect to
the individual molecules in the spirit of first-order perturba-
tion. All of the calculations are performed with the GAUSSIAN
03 package

详细的请看PHYSICAL REVIEW B 79, 115203 2009

[ Last edited by 贺仪 on 2011-10-17 at 16:20 ]
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼 2011-10-17 11:00:34
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 专家考核存档 2011-10-17 11:48:43
贺仪(金币+5): 谢谢 2011-10-17 14:46:34
iop(3/33=2)：打印重叠矩阵，以及其他矩阵的信息
pop=full：打印全部轨道因子。
默认打印hf/dft级别的轨道能量
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-10-17 11:26:14
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 谢谢斑竹 2011-10-17 11:49:06
贺仪(金币+5): 谢谢，还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:24
既是非专业GAUSSIAN使用者，你是问如何在输出结果中得到相应的数据吧。

加关键词：Pop=Full，得到：molecular orbital coefficients and energies

加关键词：iop(3/33=1)，得到：overlap matrix
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3楼2011-10-17 11:26:44
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng: 专家考核存档 2011-10-17 11:49:17
zhou2009(金币+2): 2011-10-17 12:43:57
贺仪(金币+5): 谢谢，还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:15
如果你问“怎么计算overlap matrix”：gaussian至少有两种算法。iop(3/38=2)用标准公式算。目前默认的prism方法很繁琐，思路是先把所有积分转化成标准的双电子积分一般公式，然后用统一的方法计算，有点画蛇添足的感觉。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-10-17 11:31:29
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beefly at 2011-10-17 11:31:29:
如果你问“怎么计算overlap matrix”：gaussian至少有两种算法。iop(3/38=2)用标准公式算。目前默认的prism方法很繁琐，思路是先把所有积分转化成标准的双电子积分一般公式，然后用统一的方法计算，有点画蛇添足的 ...

按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。
我想计算的两个分子homo之间的overlap integral，可能是我没说清楚吧……
那能不能算两个分子homo之间的overlap integral呢？在计算结果中怎么查看？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
5楼2011-10-17 14:45:48
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

贺仪(金币+5): 这个会了，现在就想学一下高斯怎么算…… 2011-10-17 15:04:55
引用回帖:
5楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-17 14:45:48:
按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。
我想计算的两个分子homo之间的overlap integral，可能是我没说清楚吧……
那能不能算两个分子homo之间的overlap integral呢？在计算结果中怎 ...

如果同monomer：
ADF can also calculate transfer integrals based on the direct method by the use of its unique fragment approach
高斯不行，只能构型猜测，然后能级劈裂法
非monomer，编程吧
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
6楼2011-10-17 15:00:38
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiewei at 2011-10-17 15:00:38:
如果同monomer：
ADF can also calculate transfer integrals based on the direct method by the use of its unique fragment approach
高斯不行，只能构型猜测，然后能级劈裂法
非monomer，编程吧

高斯是可以做的，我已经修改了，例出文章的说明
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
7楼2011-10-17 16:19:41
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-10-17 11:26:44:
既是非专业GAUSSIAN使用者，你是问如何在输出结果中得到相应的数据吧。

加关键词：Pop=Full，得到：molecular orbital coefficients and energies

加关键词：iop(3/33=1)，得到：overlap matrix

按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。
我想计算的两个分子homo之间的overlap integral，可能是我没说清楚吧……
那能不能算两个分子homo之间的overlap integral呢？在计算结果中怎么查看？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
8楼2011-10-17 16:23:01
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

为什么只是算两个分子HOMO之间的呢？而且还只是overlap integral呢？

两个分子之间的作用并不是二者HOMO之间的作用，把两个分子放在一起算，之间的作用就都有了。
当然如何放分子，可以观察A的HOMO与B的LUMO，或者A的LUMO与B的HOMO，看二者如何搭配、放置作为初始优化的起点比较好。优化的结果就得到了两个分子之间的作用了。

两个分子之间的overlap integral，只是轨道（用基组表达的）之间的，说明不了问题。要考察的是重叠布居。
将AB的计结果在Multiwfn中求全AB的电子密度ρAB，并在Multiwfn中进一步分别求分子片A、分子片B的电子密度ρa、ρB。求电子密度差Δρ=ρAB-ρa-ρB。
这时Δρ就是分子片A、分子片B之间的重叠布居。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-17 at 19:30 ]
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9楼2011-10-17 17:38:02
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-10-17 17:38:02:
为什么只是算两个分子HOMO之间的呢？而且还只是overlap integral呢？

两个分子之间的作用并不是二者HOMO之间的作用，把两个分子放在一起算，之间的作用就都有了。
当然如何放分子，可以观察A的HOMO与B的LUMO， ...

电荷从一个分子跑到另一个分子就需要这些量呀！
呵呵 我还是仔细看文献吧……
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
10楼2011-10-17 18:28:48
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