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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？

本人非专业GAUSSIAN使用者，请问GAUSSIAN怎么计算overlap matrix ， molecular orbital coefficients and energies ？如果可以，请列出输入文件，谢谢！

F0= SCC
,没法显示……
where S is the intermolecular overlap matrix, and C and 
are the dimer Kohn-Sham orbital’s coefficients and energies.
The noninteracting molecular orbitals of the two individual
molecules are calculated separately by the standard self-
consistent field procedure. These noninteracting orbitals are
then used to construct the dimer Kohn-Fock matrix. Namely,
it takes directly the unperturbed individual molecule’s orbital
and density matrix to guarantee that originally, the two mol-
ecules are noninteracting, and only when putting them to-
gether, one can get interaction information with respect to
the individual molecules in the spirit of first-order perturba-
tion. All of the calculations are performed with the GAUSSIAN
03 package

详细的请看PHYSICAL REVIEW B 79, 115203 2009

[ Last edited by 贺仪 on 2011-10-17 at 16:20 ]
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼2011-10-17 11:00:34
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 专家考核存档 2011-10-17 11:48:43
贺仪(金币+5): 谢谢 2011-10-17 14:46:34
iop(3/33=2)：打印重叠矩阵，以及其他矩阵的信息
pop=full：打印全部轨道因子。
默认打印hf/dft级别的轨道能量
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-10-17 11:26:14
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 谢谢斑竹 2011-10-17 11:49:06
贺仪(金币+5): 谢谢，还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:24
既是非专业GAUSSIAN使用者，你是问如何在输出结果中得到相应的数据吧。

加关键词：Pop=Full，得到：molecular orbital coefficients and energies

加关键词：iop(3/33=1)，得到：overlap matrix
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3楼2011-10-17 11:26:44
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng: 专家考核存档 2011-10-17 11:49:17
zhou2009(金币+2): 2011-10-17 12:43:57
贺仪(金币+5): 谢谢，还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:15
如果你问“怎么计算overlap matrix”：gaussian至少有两种算法。iop(3/38=2)用标准公式算。目前默认的prism方法很繁琐，思路是先把所有积分转化成标准的双电子积分一般公式，然后用统一的方法计算，有点画蛇添足的感觉。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-10-17 11:31:29
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by beefly at 2011-10-17 11:31:29:
如果你问“怎么计算overlap matrix”：gaussian至少有两种算法。iop(3/38=2)用标准公式算。目前默认的prism方法很繁琐，思路是先把所有积分转化成标准的双电子积分一般公式，然后用统一的方法计算，有点画蛇添足的 ...

按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。
我想计算的两个分子homo之间的overlap integral，可能是我没说清楚吧……
那能不能算两个分子homo之间的overlap integral呢？在计算结果中怎么查看？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
5楼2011-10-17 14:45:48
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

贺仪(金币+5): 这个会了，现在就想学一下高斯怎么算…… 2011-10-17 15:04:55
引用回帖:
5楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-17 14:45:48:
按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。
我想计算的两个分子homo之间的overlap integral，可能是我没说清楚吧……
那能不能算两个分子homo之间的overlap integral呢？在计算结果中怎 ...

如果同monomer：
ADF can also calculate transfer integrals based on the direct method by the use of its unique fragment approach
高斯不行，只能构型猜测，然后能级劈裂法
非monomer，编程吧
赞一下 回复此楼
我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
6楼2011-10-17 15:00:38
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiewei at 2011-10-17 15:00:38:
如果同monomer：
ADF can also calculate transfer integrals based on the direct method by the use of its unique fragment approach
高斯不行，只能构型猜测，然后能级劈裂法
非monomer，编程吧

高斯是可以做的，我已经修改了，例出文章的说明
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
7楼2011-10-17 16:19:41
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-10-17 11:26:44:
既是非专业GAUSSIAN使用者，你是问如何在输出结果中得到相应的数据吧。

加关键词：Pop=Full，得到：molecular orbital coefficients and energies

加关键词：iop(3/33=1)，得到：overlap matrix

按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。
我想计算的两个分子homo之间的overlap integral，可能是我没说清楚吧……
那能不能算两个分子homo之间的overlap integral呢？在计算结果中怎么查看？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
8楼2011-10-17 16:23:01
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

为什么只是算两个分子HOMO之间的呢？而且还只是overlap integral呢？

两个分子之间的作用并不是二者HOMO之间的作用，把两个分子放在一起算，之间的作用就都有了。
当然如何放分子，可以观察A的HOMO与B的LUMO，或者A的LUMO与B的HOMO，看二者如何搭配、放置作为初始优化的起点比较好。优化的结果就得到了两个分子之间的作用了。

两个分子之间的overlap integral，只是轨道（用基组表达的）之间的，说明不了问题。要考察的是重叠布居。
将AB的计结果在Multiwfn中求全AB的电子密度ρAB，并在Multiwfn中进一步分别求分子片A、分子片B的电子密度ρa、ρB。求电子密度差Δρ=ρAB-ρa-ρB。
这时Δρ就是分子片A、分子片B之间的重叠布居。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-17 at 19:30 ]
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9楼2011-10-17 17:38:02
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-10-17 17:38:02:
为什么只是算两个分子HOMO之间的呢？而且还只是overlap integral呢？

两个分子之间的作用并不是二者HOMO之间的作用，把两个分子放在一起算，之间的作用就都有了。
当然如何放分子，可以观察A的HOMO与B的LUMO， ...

电荷从一个分子跑到另一个分子就需要这些量呀！
呵呵 我还是仔细看文献吧……
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
10楼2011-10-17 18:28:48
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