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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-10-18 14:05:31
引用回帖:
20楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 10:08:48:
你好！我看了你的网页http://multiwfn.codeplex.com/，下载了A brief introduction to Multiwfn 1.6.ppt在其中看到了你们的一个例子
Example: NH3 fragment component in all MOs of NH3BF3 molecul ...

程序手册里有实例


“这里的各个基函数是各原子的1s，2p等等的吧？”
对于极小基可以这么认为。而对于扩展基，基函数和原子轨道（1s, 2p之类)之间没有完整的一一对应关系。

“这里面一次计算是把两个分子提取出来分别计算一次能量？然后怎么得到两体的HUOMO组合系数？“
对，分别计算。用pop=full就会输出组合系数。
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21楼2011-10-18 13:31:52
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 13:31:52:
程序手册里有实例


“这里的各个基函数是各原子的1s，2p等等的吧？”
对于极小基可以这么认为。而对于扩展基，基函数和原子轨道（1s, 2p之类)之间没有完整的一一对应关系。

“这里面一次计算是把两个分子 ...

例子只有一个输出文件NH3BF3.out，没有相应的输入文件。

另外这个问题还是没明白怎么弄：
“这里面一次计算是把两个分子提取出来分别计算一次能量？然后怎么得到两体的HOMO组合系数？“
对，分别计算。用pop=full就会输出组合系数。

加入pop=full分别计算一次能量吗？那出现的是每个分子的组合系数呀，还是不知道怎么产生两个分子HOMO的组合系数，你那个说明书跟你的软件不一致，你的说明说是1.6版的但是你的软件列表里面没有
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22楼2011-10-18 14:03:31
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 09:16:43:
这些需要自己写程序计算吗？不需要的话有什么软件可以实现？

不需要自己写程序计算。

用GS计算分子AB的wfn，然后在multiwfn进行运算，只选择如AB的HOMO，分别计算ρAB、ρa、ρB，作Δρ=ρAB-ρa-ρB即可。这样可以得到A、B之间的重叠布居Δρ，而且是定量的数据。还可以对Δρ作图，从图形观察重叠布居Δρ的形象，来分析A、B之间作用的性质。
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23楼2011-10-18 14:23:20
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-10-18 16:23:16
引用回帖:
22楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 14:03:31:
例子只有一个输出文件NH3BF3.out，没有相应的输入文件。

另外这个问题还是没明白怎么弄：
“这里面一次计算是把两个分子提取出来分别计算一次能量？然后怎么得到两体的HOMO组合系数？“
对，分别计算。用po ...

1.6版没有正式发布，那是去年年底打算发布的版本。ppt并不是程序手册，手册是100多页的pdf文件。
目前最新版本是2.1.2，压缩包里的手册和程序是一致的。
注意，计算NH3BF3轨道成分和你当前的问题一点关系也没有，不要混淆。

在着急计算之前，应该从原理上把这个问题好好想明白，否则只会越来越糊涂，算完了也搞不清对错。原理想清楚了，怎么算就会很容易理解。
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24楼2011-10-18 15:31:54
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 15:31:54:
1.6版没有正式发布，那是去年年底打算发布的版本。ppt并不是程序手册，手册是100多页的pdf文件。
目前最新版本是2.1.2，压缩包里的手册和程序是一致的。
注意，计算NH3BF3轨道成分和你当前的问题一点关系也没有 ...

有点明白了 那个是两个单体对一个轨道的贡献……

对于这个还是不明白
“这里面一次计算是把两个分子提取出来分别计算一次能量？然后怎么得到两体的HOMO组合系数？“
对，分别计算。用pop=full就会输出组合系数。

加入pop=full分别计算两个分子的能量吗？那出现的是每个分子的组合系数呀，还是不知道怎么产生两个分子HOMO的组合系数……
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25楼2011-10-18 15:40:00
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-10-18 16:23:57
引用回帖:
25楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 15:40:00:
有点明白了 那个是两个单体对一个轨道的贡献……

对于这个还是不明白
“这里面一次计算是把两个分子提取出来分别计算一次能量？然后怎么得到两体的HOMO组合系数？“
对，分别计算。用pop=full就会输出组合系 ...

如果我没理解错，你想计算的是A的HOMO和B的HOMO之间的重叠积分。所以当然要分别算A和B的单点，来分别得到A的HOMO的组合系数和B的HOMO的组合系数。
如果你算超分子，只能得到一个HOMO，即超分子的HOMO，这和你目前的问题没关系。
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26楼2011-10-18 15:46:23
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贺仪

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26楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 15:46:23:
如果我没理解错，你想计算的是A的HOMO和B的HOMO之间的重叠积分。所以当然要分别算A和B的单点，来分别得到A的HOMO的组合系数和B的HOMO的组合系数。
如果你算超分子，只能得到一个HOMO，即超分子的HOMO，这和你目 ...

“如果我没理解错，你想计算的是A的HOMO和B的HOMO之间的重叠积分。”
是这样的。

“所以当然要分别算A和B的单点，来分别得到A的HOMO的组合系数和B的HOMO的组合系数”
得到的是分别的组合系数那怎么求交叠积分呢？
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27楼2011-10-18 15:57:58
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sobereva

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zhou2009(金币+2): 2011-10-18 19:55:05
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27楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 15:57:58:
“如果我没理解错，你想计算的是A的HOMO和B的HOMO之间的重叠积分。”
是这样的。

“所以当然要分别算A和B的单点，来分别得到A的HOMO的组合系数和B的HOMO的组合系数”
得到的是分别的组合系数那怎么求交叠积 ...

两单体的HOMO的重叠积分：

=<∑c_ai*χ_ai|∑[j]c_bj*χ_bj>
=∑∑[j]c_ai*c_bj*S_ai,bj
S_ai,bj是单体a的i基函数与单体b的j基函数的重叠积分。S、c怎么获得在前面的回复中已经说了。
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28楼2011-10-18 18:39:35
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sobereva

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27楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 15:57:58:
“如果我没理解错，你想计算的是A的HOMO和B的HOMO之间的重叠积分。”
是这样的。

“所以当然要分别算A和B的单点，来分别得到A的HOMO的组合系数和B的HOMO的组合系数”
得到的是分别的组合系数那怎么求交叠积 ...

刚才的回复中公式被转义成斜体了，重发一下：
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29楼2011-10-18 18:42:32
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贺仪

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引用回帖:
28楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 18:39:35:
两单体的HOMO的重叠积分：
<HOMO_a|HOMO_b>
=<∑c_ai*χ_ai|∑[j]c_bj*χ_bj>
=∑∑[j]c_ai*c_bj*S_ai,bj
S_ai,bj是单体a的i基函数与单体b的j基函数的重叠积分。S、c怎么获得在前面的回复 ...

c是在单体计算得到log文件中的MOlecular Orbital Coefficients
     Molecular Orbital Coefficients:
                           1         2         3         4         5
                           O         O         O         O         O
     Eigenvalues --   -14.14119 -14.13311 -10.06386 -10.05618 -10.05339
   1 1   C  1S          0.00049   0.00000  -0.01306   0.00000  -0.00317
   2        2S         -0.01389   0.00000  -0.00891   0.00000  -0.00026
中的 0.00049代表的是轨道1与基函数1号原子1S轨道的的C是吧？
而
“S_ai,bj是单体a的i基函数与单体b的j基函数的重叠积分”
是在超分子计算得到的Density Matrix
    Density Matrix:
                           1         2         3         4         5
   1 1   C  1S          2.07860
   2        2S         -0.21732   0.81347
   3        2PX         0.00312  -0.04906   0.70492
   4        2PY        -0.00439   0.07091   0.06855   0.65157
其中的的编号1 代表是1号C原子1s轨道是吧？也就是说第一个元素2.07860是S(a1,a1)是吧？
麻烦了！谢谢您的帮助！
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30楼2011-10-18 20:53:23
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