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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

贺仪(金币+5): 我要得到的是一个轨道的，你的方法是所有轨道的，而且不是归一化的 2011-10-17 21:38:15
电荷从一个分子跑到另一个分子，也可以作Δρ=ρAB-ρa-ρB。
只是这里的ρa、ρB是独立分子的。

这样得到的Δρ，可以清楚看到电荷从一个分子跑到另一个分子的净变化，甚至可以设法将这转移电荷定量计算出来。
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11楼2011-10-17 19:36:01
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

贺仪(金币+5): 回答的差不多了，呵呵， 还希望你继续关注下面的问题！谢谢咯 2011-10-17 21:38:54
“按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。”

通常是如此。

“算两个分子homo之间的overlap integral”

如果用gaussian等现成的程序算，首先算超分子，分析HOMO附近的占居轨道，找到对应两个分子各自HOMO的轨道，记住轨道编号i和j，然后看重叠矩阵的矩阵元S(i,j)或S(j,i)
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
12楼2011-10-17 19:56:24
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by beefly at 2011-10-17 19:56:24:
“按照你们的方法算出来的是一个体系不同轨道间的overlap，还不一样。”

通常是如此。

“算两个分子homo之间的overlap integral”

如果用gaussian等现成的程序算，首先算超分子，分析HOMO附近的占居轨道 ...

非常感谢你的回答！

“首先算超分子，分析HOMO附近的占居轨道，找到对应两个分子各自HOMO的轨道，记住轨道编号i和j，然后看重叠矩阵的矩阵元S(i,j)或S(j,i) ”

这个要另外计算吗？不然怎么在超分子中只有一个homo，怎么找i和j？，另外给出的是超分子见轨道的交叠积分，也对应不到s（i，j）……
麻烦再详细说明…… 谢谢咯！
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
13楼2011-10-17 21:36:19
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
忘了我对最后一个问题的回答吧。你问的是轨道重叠积分，我说的是基函数重叠积分，不一回事。

需要打印超分子的轨道因子，画轨道图或者看轨道因子的分布，找到两个子体系各自的homo在超分子轨道中的编号，然后把这两个轨道的轨道因子做内积。
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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
14楼2011-10-18 00:30:50
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★
zhou2009(金币+3): 2011-10-18 08:34:14
先计算超分子，根据IOp选项输出的重叠矩阵，就知道了这两个单体中的各个基函数间的重叠积分。
然后依次计算这两个单体，计算时注意保持单体的坐标与在超分子中一致（需要用nosymm关键词），就得到了这两个单体的HOMO的组合系数。
有了以上两个信息，就足够计算两个单体HOMO间的重叠积分了，也就是诸如c_a2*c_b3*S(a2,b3)这种项的加和，写个很简单的程序即可完成。这里c是HOMO组合系数，S是基函数的重叠积分，a和b代表单体编号，数字代表是相应单体中第几个基函数。
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15楼2011-10-18 02:53:13
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

你说“要得到的是一个轨道的，你的方法是所有轨道的，而且不是归一化的”

如果要得到一个轨道的，那要看你的AB分子的AB相互作用是那一个分子轨道来表达的，如果是HOMO，那就只作这个HOMO的Δρ，就可以得到A、B之间的重叠布居，而且可以定量。

GS中，每一个MO都已经是归一化的。除了加和系数的平方外，还要加和重叠布居，才是归一的。系数的平方、重叠布居都列在密度矩阵中。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-18 at 08:53 ]
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16楼2011-10-18 08:51:21
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by beefly at 2011-10-18 00:30:50:
忘了我对最后一个问题的回答吧。你问的是轨道重叠积分，我说的是基函数重叠积分，不一回事。

需要打印超分子的轨道因子，画轨道图或者看轨道因子的分布，找到两个子体系各自的homo在超分子轨道中的编号，然后把 ...

“两个子体系各自的homo在超分子轨道中的编号”
这个怎么找？输出文件里面没有单独的分子的轨道，只有超分子的轨道呀
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
17楼2011-10-18 08:55:27
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 02:53:13:
先计算超分子，根据IOp选项输出的重叠矩阵，就知道了这两个单体中的各个基函数间的重叠积分。
然后依次计算这两个单体，计算时注意保持单体的坐标与在超分子中一致（需要用nosymm关键词），就得到了这两个单体的 ...

“先计算超分子，根据IOp选项输出的重叠矩阵，就知道了这两个单体中的各个基函数间的重叠积分。”
这里的各个基函数是各原子的1s，2p等等的吧？

“然后依次计算这两个单体，计算时注意保持单体的坐标与在超分子中一致（需要用nosymm关键词），就得到了这两个单体的HOMO的组合系数。”
这里面一次计算是把两个分子提取出来分别计算一次能量？然后怎么得到两体的HUOMO组合系数？
麻烦了！
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
18楼2011-10-18 09:02:05
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by zhou2009 at 2011-10-18 08:51:21:
你说“要得到的是一个轨道的，你的方法是所有轨道的，而且不是归一化的”

如果要得到一个轨道的，那要看你的AB分子的AB相互作用是那一个分子轨道来表达的，如果是HOMO，那就只作这个HOMO的Δρ，就可以得到A、 ...

这些需要自己写程序计算吗？不需要的话有什么软件可以实现？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
19楼2011-10-18 09:16:43
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-18 02:53:13:
先计算超分子，根据IOp选项输出的重叠矩阵，就知道了这两个单体中的各个基函数间的重叠积分。
然后依次计算这两个单体，计算时注意保持单体的坐标与在超分子中一致（需要用nosymm关键词），就得到了这两个单体的 ...

你好！我看了你的网页http://multiwfn.codeplex.com/，下载了A brief introduction to Multiwfn 1.6.ppt在其中看到了你们的一个例子
Example: NH3 fragment component in all MOs of NH3BF3 molecule (HF/6-31G*, Stout-Politzer)
可以说一下怎做的吗？
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
20楼2011-10-18 10:08:48
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