应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？
71/1返回列表
查看: 2235  |  回复: 31
查看全部回帖 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] GAUSSIAN怎么计算overlap matrix？

本人非专业GAUSSIAN使用者，请问GAUSSIAN怎么计算overlap matrix ， molecular orbital coefficients and energies ？如果可以，请列出输入文件，谢谢！

F0= SCC
,没法显示……
where S is the intermolecular overlap matrix, and C and 
are the dimer Kohn-Sham orbital’s coefficients and energies.
The noninteracting molecular orbitals of the two individual
molecules are calculated separately by the standard self-
consistent field procedure. These noninteracting orbitals are
then used to construct the dimer Kohn-Fock matrix. Namely,
it takes directly the unperturbed individual molecule’s orbital
and density matrix to guarantee that originally, the two mol-
ecules are noninteracting, and only when putting them to-
gether, one can get interaction information with respect to
the individual molecules in the spirit of first-order perturba-
tion. All of the calculations are performed with the GAUSSIAN
03 package

详细的请看PHYSICAL REVIEW B 79, 115203 2009

[ Last edited by 贺仪 on 2011-10-17 at 16:20 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
嘟啦啦嘟啦啦嘟
1楼 2011-10-17 11:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 谢谢斑竹 2011-10-17 11:49:06
贺仪(金币+5): 谢谢，还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:24
既是非专业GAUSSIAN使用者，你是问如何在输出结果中得到相应的数据吧。

加关键词：Pop=Full，得到：molecular orbital coefficients and energies

加关键词：iop(3/33=1)，得到：overlap matrix
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-10-17 11:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

为什么只是算两个分子HOMO之间的呢？而且还只是overlap integral呢？

两个分子之间的作用并不是二者HOMO之间的作用，把两个分子放在一起算，之间的作用就都有了。
当然如何放分子，可以观察A的HOMO与B的LUMO，或者A的LUMO与B的HOMO，看二者如何搭配、放置作为初始优化的起点比较好。优化的结果就得到了两个分子之间的作用了。

两个分子之间的overlap integral，只是轨道（用基组表达的）之间的，说明不了问题。要考察的是重叠布居。
将AB的计结果在Multiwfn中求全AB的电子密度ρAB，并在Multiwfn中进一步分别求分子片A、分子片B的电子密度ρa、ρB。求电子密度差Δρ=ρAB-ρa-ρB。
这时Δρ就是分子片A、分子片B之间的重叠布居。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-17 at 19:30 ]
赞一下 回复此楼
9楼2011-10-17 17:38:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

贺仪(金币+5): 我要得到的是一个轨道的，你的方法是所有轨道的，而且不是归一化的 2011-10-17 21:38:15
电荷从一个分子跑到另一个分子，也可以作Δρ=ρAB-ρa-ρB。
只是这里的ρa、ρB是独立分子的。

这样得到的Δρ，可以清楚看到电荷从一个分子跑到另一个分子的净变化，甚至可以设法将这转移电荷定量计算出来。
赞一下 回复此楼
11楼2011-10-17 19:36:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

你说“要得到的是一个轨道的，你的方法是所有轨道的，而且不是归一化的”

如果要得到一个轨道的，那要看你的AB分子的AB相互作用是那一个分子轨道来表达的，如果是HOMO，那就只作这个HOMO的Δρ，就可以得到A、B之间的重叠布居，而且可以定量。

GS中，每一个MO都已经是归一化的。除了加和系数的平方外，还要加和重叠布居，才是归一的。系数的平方、重叠布居都列在密度矩阵中。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-18 at 08:53 ]
赞一下 回复此楼
16楼2011-10-18 08:51:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
19楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-10-18 09:16:43:
这些需要自己写程序计算吗？不需要的话有什么软件可以实现？

不需要自己写程序计算。

用GS计算分子AB的wfn，然后在multiwfn进行运算，只选择如AB的HOMO，分别计算ρAB、ρa、ρB，作Δρ=ρAB-ρa-ρB即可。这样可以得到A、B之间的重叠布居Δρ，而且是定量的数据。还可以对Δρ作图，从图形观察重叠布居Δρ的形象，来分析A、B之间作用的性质。
赞一下 回复此楼
23楼2011-10-18 14:23:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

至此，经过讨论，似乎问题解决得差不多了，你要的“两个分子homo之间的overlap integral”从理论方法上也说明白了。

然而跳出你的提问看，这个问题还是有问题。
因为一般说来，对于A、B分子之间的作用，绝对不是A分子HOMO与B分子HOMO之间在作用，形成的超分子AB的HOMO也绝对不是A分子的HOMO与B分子的HOMO所形成的。
A、B分子之间要起作用，只能是一个分子的HOMO与另一个分子的LUMO起作用。

举个例子也许就能说明白：
如H2O分子的HOMO是O的孤对电子，而两个H2O分子之间相互作用，不是指这两个H2O分子之间HOMO相互作用，这样只有双方孤对电子的排斥。
排斥之后、翻转、优化，会形成氢键。形成的氢键因能量降低MO会下沉。AB的HOMO是另一个H2O分子的O的孤对电子。
赞一下 回复此楼
31楼2011-10-19 14:27:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 贺仪 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭