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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] GAUSSIAN怎么计算overlap matrix?

本人非专业GAUSSIAN使用者,请问GAUSSIAN怎么计算overlap matrix , molecular orbital coefficients and energies ?如果可以,请列出输入文件,谢谢!

F0= SCC
,没法显示……
where S is the intermolecular overlap matrix, and C and 
are the dimer Kohn-Sham orbital’s coefficients and energies.
The noninteracting molecular orbitals of the two individual
molecules are calculated separately by the standard self-
consistent field procedure. These noninteracting orbitals are
then used to construct the dimer Kohn-Fock matrix. Namely,
it takes directly the unperturbed individual molecule’s orbital
and density matrix to guarantee that originally, the two mol-
ecules are noninteracting, and only when putting them to-
gether, one can get interaction information with respect to
the individual molecules in the spirit of first-order perturba-
tion. All of the calculations are performed with the GAUSSIAN
03 package

详细的请看PHYSICAL REVIEW B 79, 115203 2009

[ Last edited by 贺仪 on 2011-10-17 at 16:20 ]
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

为什么只是算两个分子HOMO之间的呢?而且还只是overlap integral呢?

两个分子之间的作用并不是二者HOMO之间的作用,把两个分子放在一起算,之间的作用就都有了。
当然如何放分子,可以观察A的HOMO与B的LUMO,或者A的LUMO与B的HOMO,看二者如何搭配、放置作为初始优化的起点比较好。优化的结果就得到了两个分子之间的作用了。

两个分子之间的overlap integral,只是轨道(用基组表达的)之间的,说明不了问题。要考察的是重叠布居。
将AB的计结果在Multiwfn中求全AB的电子密度ρAB,并在Multiwfn中进一步分别求分子片A、分子片B的电子密度ρa、ρB。求电子密度差Δρ=ρAB-ρa-ρB。
这时Δρ就是分子片A、分子片B之间的重叠布居。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-10-17 at 19:30 ]
9楼2011-10-17 17:38:02
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查看全部 32 个回答

beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 专家考核存档 2011-10-17 11:48:43
贺仪(金币+5): 谢谢 2011-10-17 14:46:34
iop(3/33=2):打印重叠矩阵,以及其他矩阵的信息
pop=full:打印全部轨道因子。
默认打印hf/dft级别的轨道能量
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2011-10-17 11:26:14
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 谢谢斑竹 2011-10-17 11:49:06
贺仪(金币+5): 谢谢,还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:24
既是非专业GAUSSIAN使用者,你是问如何在输出结果中得到相应的数据吧。

加关键词:Pop=Full,得到:molecular orbital coefficients and energies

加关键词:iop(3/33=1),得到:overlap matrix
3楼2011-10-17 11:26:44
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng: 专家考核存档 2011-10-17 11:49:17
zhou2009(金币+2): 2011-10-17 12:43:57
贺仪(金币+5): 谢谢,还是有点问题…… 2011-10-17 14:46:15
如果你问“怎么计算overlap matrix”:gaussian至少有两种算法。iop(3/38=2)用标准公式算。目前默认的prism方法很繁琐,思路是先把所有积分转化成标准的双电子积分一般公式,然后用统一的方法计算,有点画蛇添足的感觉。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-10-17 11:31:29
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