应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 神奇现象！ cDNA做3‘-RACE的结果，求解释！
51/1返回列表
查看: 1184  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

thinkdoll

金虫 (小有名气)

[交流] 神奇现象！ cDNA做3‘-RACE的结果，求解释！

小虫第一次尝试着做RACE, 见解浅薄，请各位大侠多指教！
现象时这样的：
反转录后cDNA做3‘-RACE得到的测序结果中间存在许多终止子。
如果按第一个终止子算的话，显然基因没那么短。
并且无论拿整个蛋白序列或是终止子前的序列blast都不和我预计的蛋白同源。（每个race的结果都取了4~5个克隆测序，结果都不太相同，而且中间都存在若干终止子）

请问大家做RRACE的时候有这种状况么？
还有一般需要筛选多少个克隆才能得到目的片段呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-03-27 14:03:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinkdoll

金虫 (小有名气)
我也曾担心过错配或移码突变的问题。按此思路分析序列也没有好的结果。
我所用的是高保真的taq，并且其中分别的两次race后，连入载体测序结果各有一个克隆序列及终止子的位置是一致的。
所以，可能不是上面各位同学分析的原因。
大家还有没有别的思路啊？ 难道果然只有我遇到么？

ps：3‘-utr 能有200~1000bp那么长么？
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-29 11:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
thinkdoll: 金币+2 2013-03-28 22:06:21
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-29 16:04:49
终止子不是大问题，一方面不一定是按照这个ORF来到，另一方面某些情况下终止子只是部分终止，并非100%地终止（细胞生物学上讲过）
你这个序列blast的结果是什么呢？同源序列是你的物种里面的么？
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-27 15:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thinkdoll

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-03-27 15:53:25
终止子不是大问题，一方面不一定是按照这个ORF来到，另一方面某些情况下终止子只是部分终止，并非100%地终止（细胞生物学上讲过）
你这个序列blast的结果是什么呢？同源序列是你的物种里面的么？

谢谢你的回复！
orf就是这个没错的。我想作为不完全终止这种情况未免也太特殊了。
我做的物种很小众，基因库里没啥序列。blast得到的同源序列分值也都不高，score30~40%，identity 20~30.感觉也看不出是啥来。
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-28 22:04:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robustli

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
think about your polymerase, if it is Taq ploymerase, the stop codon might be  created by the Taq ploymerase
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-28 23:47:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭