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[资源] 推荐:点突变引物设计软件SDM-Assist

推荐:点突变引物设计软件SDM-Assist

在使用重叠延伸PCR法做点突变时,大家是否为该如何挑选正确菌落送去测序而烦恼?在这里我推荐一款可以用于重叠延伸PCR法引物设计的免费软件SDM-Assist。该软件最大特点为,在设计点突变印务时,可以在引物上通过同义突变引入一个新的酶切位点,这样在挑选菌落时,可以通过该酶切位点协助判断该菌落所含质粒是否正确,值得送去测序。同时,该软件操作简单,只需点击几次鼠标就可获得结果,软件设计引物自动基于Tm, GC含量, 5’及3’末端稳定性,二级结构等因素给出评分。此外,所得结果可以导出为excel或text文件。

该软件相关文章已发表在BMC Bioinformatics

SDM-assist software to design site-directed mutagenesis primers introducing "silent" restriction sites

Abhijit Karnik, Rucha Karnik and Christopher Grefen

BMC Bioinformatics 2013, 14:105 doi:10.1186/1471-2105-14-105

下载链接

http://www.psrg.org.uk/sdm-assist.html

该链接页面附有软件使用说明动画,如有任何问题,可以与作者联系christopher.grefen@glasgow.ac.uk,如果对自己的英文没有信心,也可直接站内信与我联系。

软件界面及相关论文

Untitled.jpg

论文下载链接
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/14/105/abstract

[ Last edited by starseacow on 2013-3-27 at 02:09 ]
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tigertang

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错的软件,但还是有个疑问,同时引入同义突变会不会有问题,因为密码子有偏好性呀
15楼2013-03-26 14:15:25
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muchunyu521

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

真的挺好 英语不太好
16楼2013-03-26 17:21:43
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引用回帖:
15楼: Originally posted by tigertang at 2013-03-26 14:15:25
不错的软件,但还是有个疑问,同时引入同义突变会不会有问题,因为密码子有偏好性呀

这确实是个问题,当突变质粒最终用于不同物种时,密码子偏好性会影响其正常转录表达。这个软件对于每一个设计任务,都会给出很多对不同的同义突变,使用者可以根据需要从中选择合适的引物对。
17楼2013-03-26 19:50:49
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引用回帖:
15楼: Originally posted by tigertang at 2013-03-26 14:15:25
不错的软件,但还是有个疑问,同时引入同义突变会不会有问题,因为密码子有偏好性呀

刚刚和作者聊了一下,这个软件在使用过程中,右键点击中间可以用来替换的氨基酸图标,可以切换不同的密码子,这样有助于在设计引物时优化密码子
20楼2013-03-27 02:11:35
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tigertang

木虫 (著名写手)


谢谢,已收藏,需要的时候考虑一下这个软件,也是多了个选择!
21楼2013-03-27 08:21:34
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hb7927

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主分享!
22楼2013-09-17 12:26:47
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liygmail

至尊木虫 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

good,thanks
23楼2013-09-18 18:54:33
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jojo90

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错的软件。。。
24楼2013-10-19 23:16:47
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木木icon

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

真棒
25楼2015-09-26 14:13:00
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shipeng001

银虫 (小有名气)


无法安装怎么回事?
26楼2020-01-01 21:38:08
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jinhx872楼
2013-03-25 06:47   回复  
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duanepp3楼
2013-03-25 07:52   回复  
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alarace4楼
2013-03-25 08:08   回复  
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fcdn0075楼
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zdx5166楼
2013-03-25 18:19   回复  
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diliu.2017楼
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tssy7710楼
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dahhs11楼
2013-03-26 08:22   回复  
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zww12112楼
2013-03-26 08:32   回复  
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songxuebai13楼
2013-03-26 10:38   回复  
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lt791214楼
2013-03-26 11:11   回复  
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2013-03-26 20:33   回复  
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soarrow19楼
2013-03-27 02:01   回复  
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