应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教：如何获得未知病毒的基因组？
241/1返回列表
查看: 3113  |  回复: 23
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

malstose

金虫 (正式写手)

[交流] 请教：如何获得未知病毒的基因组？

先请教下各位虫友，如何获得未知病毒的基因组呢？比如肯定在一个样品里面存在一种病毒，用何种方法获得其全基因组呢？
测序的话，应该拿什么去测序？
先谢谢啦！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-03-23 16:30:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

niil

金虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励应助交流！ 2013-03-26 04:24:44
引用回帖:
14楼: Originally posted by malstose at 2013-03-25 18:44:19
谢谢！但DNA序列不清楚，如何构建组文库？...

这个需要做些预实验看看。
首先确定这是DNA病毒。
然后富集病毒得到足量的DNA。
使用多种限制性内切酶酶切，让后电泳看看。优选酶切图谱条带丰富的。
然后可以进行文库构建。
选择2-3种限制性内切酶分别酶切足量的病毒DNA。
利用每种限制性内切酶的酶切产物分别构建DNA文库。（如果感觉DNA量不多，那最好加接头，然后PCR扩增之后再建库）
每个文库筛鉴定出合适的克隆进行测序。
最后将得到的测序结果根据片段重叠区进行组装，得到完整的病毒DNA序列。
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2013-03-25 20:52:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxd95

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
malstose(金币+1): 谢谢参与
malstose(gyesang代发): 金币+1, 鼓励发贴交流，为楼主问题解决提供可能的线索！ 2013-04-27 14:54:58
全基因组测序，这是最好的方法！基因组小，应该花不需要太多钱！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-23 20:41:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zxd95

至尊木虫 (著名写手)
全基因组测序，这是最好的方法！基因组小，应该花不需要太多钱！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-23 20:41:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhibao214

金虫 (小有名气)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
用小RNA测序也可以啊
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-24 09:08:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Afunti

木虫 (正式写手)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
看楼主的专业是植物病理学，是不是个植物病毒？
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-24 10:04:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

浏阳河畔

铁虫 (小有名气)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
加接头
回复此楼
8楼2013-03-24 11:28:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niil

金虫 (正式写手)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
病毒的核酸分子很小，可以考虑自己构建基因组文库然后测序。
赞一下 回复此楼
10楼2013-03-25 15:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Afunti at 2013-03-24 10:04:24
看楼主的专业是植物病理学，是不是个植物病毒？

嗯，我是做植物病毒方面的，呵呵~
赞一下 回复此楼
11楼2013-03-25 18:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-24 09:08:51
用小RNA测序也可以啊

谢谢~呵呵
回复此楼
12楼2013-03-25 18:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 浏阳河畔 at 2013-03-24 11:28:21
加接头

哦，然后呢？
回复此楼
13楼2013-03-25 18:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by niil at 2013-03-25 15:31:17
病毒的核酸分子很小，可以考虑自己构建基因组文库然后测序。

谢谢！但DNA序列不清楚，如何构建组文库？
赞一下 回复此楼
14楼2013-03-25 18:44:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

浏阳河畔

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by malstose at 2013-03-25 18:42:50
哦，然后呢？

因为接头的序列是已知的啊，然后你就懂的
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

malstose
15楼2013-03-25 18:47:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by 浏阳河畔 at 2013-03-25 18:47:34
因为接头的序列是已知的啊，然后你就懂的...

一般用什么方法加结头呢，如果是环形的DNA分子呢？
赞一下 回复此楼
16楼2013-03-25 18:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zxd95 at 2013-03-23 20:41:07
全基因组测序，这是最好的方法！基因组小，应该花不需要太多钱！

谢谢，我已经拿到序列了，就是不知道后面怎么分析，也不能做进化树，也不能分析重组，就是想了解还能通过这些变异位点深入的分析点什么，发个好文章，哈哈
赞一下 回复此楼
18楼2013-03-26 21:14:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-24 09:08:51
用小RNA测序也可以啊

谢谢，已经测过了，就是不知道还能深入分析什么，看看通过变异位点的知识分析一下能发什么文章
赞一下 回复此楼
19楼2013-03-26 21:17:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:14:55
谢谢，我已经拿到序列了，就是不知道后面怎么分析，也不能做进化树，也不能分析重组，就是想了解还能通过这些变异位点深入的分析点什么，发个好文章，哈哈...

刚才没看清标题，我的情况是病毒的基因组我已经拿到了，变异位点也找到了
赞一下 回复此楼
20楼2013-03-26 21:19:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:17:09
谢谢，已经测过了，就是不知道还能深入分析什么，看看通过变异位点的知识分析一下能发什么文章...

我的问题是自己已经用小RNA测序过了，病毒基因组的变异位点也拿到了，就是不知道再分析什么了
赞一下 回复此楼
21楼2013-03-26 21:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:17:09
谢谢，已经测过了，就是不知道还能深入分析什么，看看通过变异位点的知识分析一下能发什么文章...

额，你好，这貌似是你自己的回复吧？
赞一下 回复此楼
22楼2013-03-27 12:36:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:14:55
谢谢，我已经拿到序列了，就是不知道后面怎么分析，也不能做进化树，也不能分析重组，就是想了解还能通过这些变异位点深入的分析点什么，发个好文章，哈哈...

拿到序列后可以分析ORFs的情况，或者二级结构、编码蛋白等分析的，可以向Genbank提交序列啊。
赞一下 回复此楼
23楼2013-03-27 12:37:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
失落的豇豆2楼
2013-03-23 17:02   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
yingying15886楼
2013-03-24 09:53   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
haixiawu9楼
2013-03-25 15:00   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
fd_lxhua24楼
2013-03-28 20:43   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
8楼: Originally posted by 浏阳河畔 at 2013-03-24 11:28:21 加接头

相关版块跳转 我要订阅楼主 malstose 的主题更新
241/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0805总分292，求调剂 +4 幻想之殇 2026-03-01 4/200 2026-03-01 16:47 by ms629
[考研] 285求调剂 +8 满头大汗的学生 2026-02-28 8/400 2026-03-01 16:47 by caszguilin
[考研] 0856求调剂285 +7 吕仔龙 2026-02-28 7/350 2026-03-01 16:04 by hmn_wj
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 课题组接收材料类调剂研究生 +3 gaoxiaoniuma 2026-02-28 4/200 2026-03-01 14:30 by jjj三跨
[考研] 284求调剂 +6 天下熯 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:19 by Ducount.Y
[考研] 材料学调剂 +8 提神豆沙包 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:14 by peike
[考研] 290求调剂 +8 材料专硕调剂； 2026-02-28 9/450 2026-03-01 12:46 by 闭眼看蓝天
[考研] 272求调剂 +5 材紫有化 2026-02-28 5/250 2026-03-01 11:51 by gaoxiaoniuma
[考研] 调剂 +3 简木ChuFront 2026-02-28 3/150 2026-03-01 11:46 by 王伟要上岸啊
[考研] 材料类求调剂 +8 wana_kiko 2026-02-28 8/400 2026-03-01 11:44 by 王伟要上岸啊
[考研] 高分子化学与物理调剂 +5 好好好1233 2026-02-28 9/450 2026-03-01 10:59 by fengyu211
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[考博] 博士自荐 +4 kkluvs 2026-02-28 4/200 2026-03-01 10:19 by 馥安馥安
[硕博家园] 2025届双非化工硕士毕业，申博 +3 更多的是 2026-02-27 4/200 2026-03-01 10:04 by ztg729
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧？ +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭