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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教：如何获得未知病毒的基因组？
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malstose

金虫 (正式写手)

[交流] 请教：如何获得未知病毒的基因组？

先请教下各位虫友，如何获得未知病毒的基因组呢？比如肯定在一个样品里面存在一种病毒，用何种方法获得其全基因组呢？
测序的话，应该拿什么去测序？
先谢谢啦！
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1楼 2013-03-23 16:30:51
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niil

金虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励应助交流！ 2013-03-26 04:24:44
引用回帖:
14楼: Originally posted by malstose at 2013-03-25 18:44:19
谢谢！但DNA序列不清楚，如何构建组文库？...

这个需要做些预实验看看。
首先确定这是DNA病毒。
然后富集病毒得到足量的DNA。
使用多种限制性内切酶酶切，让后电泳看看。优选酶切图谱条带丰富的。
然后可以进行文库构建。
选择2-3种限制性内切酶分别酶切足量的病毒DNA。
利用每种限制性内切酶的酶切产物分别构建DNA文库。（如果感觉DNA量不多，那最好加接头，然后PCR扩增之后再建库）
每个文库筛鉴定出合适的克隆进行测序。
最后将得到的测序结果根据片段重叠区进行组装，得到完整的病毒DNA序列。
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17楼2013-03-25 20:52:30
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
malstose(金币+1): 谢谢参与
malstose(gyesang代发): 金币+1, 鼓励发贴交流，为楼主问题解决提供可能的线索！ 2013-04-27 14:54:58
全基因组测序，这是最好的方法！基因组小，应该花不需要太多钱！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2013-03-23 20:41:07
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)
全基因组测序，这是最好的方法！基因组小，应该花不需要太多钱！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-03-23 20:41:24
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zhibao214

金虫 (小有名气)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
用小RNA测序也可以啊
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5楼2013-03-24 09:08:51
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Afunti

木虫 (正式写手)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
看楼主的专业是植物病理学，是不是个植物病毒？
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7楼2013-03-24 10:04:24
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浏阳河畔

铁虫 (小有名气)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
加接头
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8楼2013-03-24 11:28:21
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niil

金虫 (正式写手)
★
malstose(金币+1): 谢谢参与
病毒的核酸分子很小，可以考虑自己构建基因组文库然后测序。
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10楼2013-03-25 15:31:17
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malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Afunti at 2013-03-24 10:04:24
看楼主的专业是植物病理学，是不是个植物病毒？

嗯，我是做植物病毒方面的，呵呵~
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11楼2013-03-25 18:42:03
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malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-24 09:08:51
用小RNA测序也可以啊

谢谢~呵呵
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12楼2013-03-25 18:42:12
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malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 浏阳河畔 at 2013-03-24 11:28:21
加接头

哦，然后呢？
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13楼2013-03-25 18:42:50
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malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by niil at 2013-03-25 15:31:17
病毒的核酸分子很小，可以考虑自己构建基因组文库然后测序。

谢谢！但DNA序列不清楚，如何构建组文库？
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14楼2013-03-25 18:44:19
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浏阳河畔

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by malstose at 2013-03-25 18:42:50
哦，然后呢？

因为接头的序列是已知的啊，然后你就懂的
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malstose
15楼2013-03-25 18:47:34
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malstose

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by 浏阳河畔 at 2013-03-25 18:47:34
因为接头的序列是已知的啊，然后你就懂的...

一般用什么方法加结头呢，如果是环形的DNA分子呢？
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16楼2013-03-25 18:50:50
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zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zxd95 at 2013-03-23 20:41:07
全基因组测序，这是最好的方法！基因组小，应该花不需要太多钱！

谢谢，我已经拿到序列了，就是不知道后面怎么分析，也不能做进化树，也不能分析重组，就是想了解还能通过这些变异位点深入的分析点什么，发个好文章，哈哈
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18楼2013-03-26 21:14:55
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zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-24 09:08:51
用小RNA测序也可以啊

谢谢，已经测过了，就是不知道还能深入分析什么，看看通过变异位点的知识分析一下能发什么文章
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19楼2013-03-26 21:17:09
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zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:14:55
谢谢，我已经拿到序列了，就是不知道后面怎么分析，也不能做进化树，也不能分析重组，就是想了解还能通过这些变异位点深入的分析点什么，发个好文章，哈哈...

刚才没看清标题，我的情况是病毒的基因组我已经拿到了，变异位点也找到了
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20楼2013-03-26 21:19:20
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zhibao214

金虫 (小有名气)
引用回帖:
19楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:17:09
谢谢，已经测过了，就是不知道还能深入分析什么，看看通过变异位点的知识分析一下能发什么文章...

我的问题是自己已经用小RNA测序过了，病毒基因组的变异位点也拿到了，就是不知道再分析什么了
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21楼2013-03-26 21:20:23
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malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:17:09
谢谢，已经测过了，就是不知道还能深入分析什么，看看通过变异位点的知识分析一下能发什么文章...

额，你好，这貌似是你自己的回复吧？
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22楼2013-03-27 12:36:03
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malstose

金虫 (正式写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by zhibao214 at 2013-03-26 21:14:55
谢谢，我已经拿到序列了，就是不知道后面怎么分析，也不能做进化树，也不能分析重组，就是想了解还能通过这些变异位点深入的分析点什么，发个好文章，哈哈...

拿到序列后可以分析ORFs的情况，或者二级结构、编码蛋白等分析的，可以向Genbank提交序列啊。
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23楼2013-03-27 12:37:01
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失落的豇豆2楼
2013-03-23 17:02   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
yingying15886楼
2013-03-24 09:53   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
haixiawu9楼
2013-03-25 15:00   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
fd_lxhua24楼
2013-03-28 20:43   回复  
malstose(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
8楼: Originally posted by 浏阳河畔 at 2013-03-24 11:28:21 加接头

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