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malstose

金虫 (正式写手)

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[交流] 请教：如何获得未知病毒的基因组？

先请教下各位虫友，如何获得未知病毒的基因组呢？比如肯定在一个样品里面存在一种病毒，用何种方法获得其全基因组呢？
测序的话，应该拿什么去测序？
先谢谢啦！

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1楼 2013-03-23 16:30:51

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niil

金虫 (正式写手)

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★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励应助交流！ 2013-03-26 04:24:44

引用回帖:

14楼: Originally posted by malstose at 2013-03-25 18:44:19
谢谢！但DNA序列不清楚，如何构建组文库？...

这个需要做些预实验看看。
首先确定这是DNA病毒。
然后富集病毒得到足量的DNA。
使用多种限制性内切酶酶切，让后电泳看看。优选酶切图谱条带丰富的。
然后可以进行文库构建。
选择2-3种限制性内切酶分别酶切足量的病毒DNA。
利用每种限制性内切酶的酶切产物分别构建DNA文库。（如果感觉DNA量不多，那最好加接头，然后PCR扩增之后再建库）
每个文库筛鉴定出合适的克隆进行测序。
最后将得到的测序结果根据片段重叠区进行组装，得到完整的病毒DNA序列。