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malstose

金虫 (正式写手)


[交流] 请教:如何获得未知病毒的基因组?

先请教下各位虫友,如何获得未知病毒的基因组呢?比如肯定在一个样品里面存在一种病毒,用何种方法获得其全基因组呢?
测序的话,应该拿什么去测序?
先谢谢啦!
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niil

金虫 (正式写手)


★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励应助交流! 2013-03-26 04:24:44
引用回帖:
14楼: Originally posted by malstose at 2013-03-25 18:44:19
谢谢!但DNA序列不清楚,如何构建组文库?...

这个需要做些预实验看看。
首先确定这是DNA病毒。
然后富集病毒得到足量的DNA。
使用多种限制性内切酶酶切,让后电泳看看。优选酶切图谱条带丰富的。
然后可以进行文库构建。
选择2-3种限制性内切酶分别酶切足量的病毒DNA。
利用每种限制性内切酶的酶切产物分别构建DNA文库。(如果感觉DNA量不多,那最好加接头,然后PCR扩增之后再建库)
每个文库筛鉴定出合适的克隆进行测序。
最后将得到的测序结果根据片段重叠区进行组装,得到完整的病毒DNA序列。
17楼2013-03-25 20:52:30
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)


★ ★
malstose(金币+1): 谢谢参与
malstose(gyesang代发): 金币+1, 鼓励发贴交流,为楼主问题解决提供可能的线索! 2013-04-27 14:54:58
全基因组测序,这是最好的方法!基因组小,应该花不需要太多钱!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-03-23 20:41:07
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zxd95

至尊木虫 (著名写手)


全基因组测序,这是最好的方法!基因组小,应该花不需要太多钱!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-03-23 20:41:24
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zhibao214

金虫 (小有名气)



malstose(金币+1): 谢谢参与
用小RNA测序也可以啊
5楼2013-03-24 09:08:51
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