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sujialing

木虫 (小有名气)

[交流] gamess 的输出文件

小妹，最近刚刚学习GAMESS，想请教各位大侠有没有关于GAMESS的输出文件和临时文件的相关参考书啊，给推荐一下，还有就是我如果想看我的轨道信息需要CHK文件，怎么办啊？GAMESS怎么查看轨道？
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1楼 2013-03-18 11:36:10
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fmying

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
sujialing(金币+1): 谢谢参与
zhou2009: 金币+4 2013-03-18 14:33:35
GAMESS的话可以去它的官网上下啊。下载程序之后（我用的是Linux版）里面有几个文档：

Section 1 - INTRO.DOC - Overview
Section 2 - INPUT.DOC - Input Description
Section 3 - TESTS.DOC - Input Examples
Section 4 - REFS.DOC  - Further Information
Section 5 - PROG.DOC  - Programmer's Reference
Section 6 - IRON.DOC  - Hardware Specifics

以上内容是GAMESS的INTRO.DOC中的介绍。这些文件说是.DOC，其实就是文本文档，用记事本，写字板都可以打开。当然，官网上也有PDF版的。

GAMESS中没有CHK文件，忘了高斯的那套吧。比如进行一次计算，输入文件为test.inp (GAMESS输入文件的扩展名为INP)，你会得到一个test.dat的文件，里面包含了体系的几何结构，基组，分子轨道（$VEC）等。对于几何构型优化，还有每一步的几何构型，还有最终的Hessian矩阵（$HESS）。$VEC可以拿出来贴在输入文件中作为初始猜测，$HESS也可以放在输入文件中，为频率计算提供Hessian矩阵。

GAMESS的输出比较有意思。默认是输出到屏幕的。想要得到输出文件，需要重定向一下：
rungms test.inp >&test.out

将输出信息导入到test.out文件中，这个就是你要的输出文件了。看轨道的话可以用MOLDEN软件读取test.out然后查看MO，或者用GAMESS开发组提供的MacMolPlt。这个软件专门为GAMESS设计，可以利用输出文件（如test.out）或者DAT文件（如test.dat）查看结果，包括几何构型，分子轨道，振动频率和模式等等，也可以建模，产生输入文件。和GaussianView的功能非常接近。
最后附上两个网址：
GAMESS官网：   http://www.msg.ameslab.gov/gamess/
MacMolPlt官网： http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/
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2楼2013-03-18 13:49:46
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sujialing

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fmying at 2013-03-18 13:49:46
GAMESS的话可以去它的官网上下啊。下载程序之后（我用的是Linux版）里面有几个文档：

Section 1 - INTRO.DOC - Overview
Section 2 - INPUT.DOC - Input Description
Section 3 - TESTS.DOC - Input Examples
...

谢啦！我也是下Linux下运行GAMES.(*^__^*) 嘻嘻……
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5楼2013-03-19 16:31:32
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CMLY

银虫 (初入文坛)
★
sujialing(金币+1): 谢谢参与
问下我的 inp 文件用gamess提交怎么提交？在linux系统下， 我输入的命令是
   ./rungms mm.inp  运行错误  我又输入 rungms mm.inp 01 1 > & mm.log &  还是不行  01 是版本，1是CPU  我打开rungms看里面用的就是01版本， 求高人指点？？  如何提交运算啊？？？

1.jpg
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8楼2013-03-20 11:21:53
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fmying

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
为什么不行？有没有仔细看过？是你编译的GAMESS有问题，还是输入文件的问题？抑或是别的什么问题？
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9楼2013-03-20 17:32:21
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CMLY

银虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by fmying at 2013-03-20 17:32:21
为什么不行？有没有仔细看过？是你编译的GAMESS有问题，还是输入文件的问题？抑或是别的什么问题？

我的输入文件以前在别的集群都是pbs提交的，现在不能用那个集群信息调不了，就用 ./rungms mm.inp 01 1 >& mm.log 提交 总是报错，输入文件格式都是固定的，以前算都是对的，问下提交格式，命令什么的对吗？
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10楼2013-03-20 19:35:51
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fmying

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
命令本身来看没有什么问题。
问题是出错信息是什么？只有看到出错信息后才能了解。
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11楼2013-03-20 20:00:00
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littledog1233楼
2013-03-18 17:45   回复  
sujialing(金币+1): 谢谢参与
haixiawu4楼
2013-03-19 10:40   回复  
sujialing(金币+1): 谢谢参与
sujialing6楼
2013-03-19 16:46   回复  
引用回帖:
3楼: Originally posted by littledog123 at 2013-03-18 17:45:02

yingying15887楼
2013-03-19 21:41   回复  
sujialing(金币+1): 谢谢参与
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