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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian 09 处理后的文件始终无法在AMBER中的antechamber命令中完成
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therotyonth

金虫 (正式写手)

[求助] Gaussian 09 处理后的文件始终无法在AMBER中的antechamber命令中完成

输入文件flu.com

--Link1--
%chk=molecule
#HF/6-31G* SCF=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt iop(6/50=1)

remark line goes here

0   1
……………………

PBS文件
#!/bin/bash
#
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l walltime=1444:00:00
#PBS -V

cd $PBS_O_WORKDIR

export g09root=/share/apps/software
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_SCRDIR=/state/partition1
date
g09 /home/flu.com
date
处理后的文件flu.log用以下命令
antechamber -i flu.log -fi gout -o flu.prepi -fo prepi -c resp -s 2
提示：
Running: /usr/local/amber12/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac

Running: /usr/local/amber12/bin/atomtype -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff

Running: /usr/local/amber12/bin/espgen -o ANTECHAMBER.ESP -i flu.log

espgen cannot deal with Gaussian 09 log file, please generate Gaussian 09 ESP file using iop(6/50=1) and rerun espgen
Error: cannot run "/usr/local/amber12/bin/espgen -o ANTECHAMBER.ESP -i flu.log" in resp() of charge.c properly, exit

这个是怎么回事呀？
刚刚接触计算，望各位大侠能帮帮茫茫哈！
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1楼 2013-10-06 22:00:03
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回帖置顶 ( 共有1个 )

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
therotyonth: 金币+3, ★有帮助, 谢谢哈！ 2013-10-07 09:07:18
therotyonth: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-10-11 17:51:40
therotyonth: 回帖置顶 2015-02-06 09:38:39
试试G03吧，09好像不行
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3楼2013-10-07 08:32:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

亍寞

金虫 (小有名气)
你的g09版本是b么？之前看见有人说b有问题，咱自己做的时候也出错，手头没有AC也不知道换版本行不行
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7楼2013-10-07 11:16:16
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by therotyonth at 2013-10-07 11:25:14
哎！我都不知道服务器上面装的到底是什么版本的，我们服务器管理员放假回家了。你也在做这个呀？
换版本什么的就不要想了我，估计管理员也不会去换的。...

嘛。。姑且算是，。。咱后来改gamess了，拿了输出电荷然后antechamber手动写。。。
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10楼2013-10-08 11:37:43
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by therotyonth at 2013-10-07 11:25:14
哎！我都不知道服务器上面装的到底是什么版本的，我们服务器管理员放假回家了。你也在做这个呀？
换版本什么的就不要想了我，估计管理员也不会去换的。...

啊，另外，版本的话。log里面从上往下，那堆作者后面就能看见，咱的是75-77行aussian 09:  EM64L-G09RevB.01
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11楼2013-10-08 11:40:06
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亍寞

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by therotyonth at 2013-10-10 08:45:27
手动写？麻烦不？...

原来A也有问题啊。。。嘛。。。转gamess吧。。。麻烦不麻烦要看你体系有多大。。。100个原子的话肯定比10原子麻烦。。。
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14楼2013-10-10 09:32:04
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普通回帖

therotyonth

金虫 (正式写手)
弄了，好久了，我把输入文件改了很多次，不停的试，结果还是没有弄出来呀！望各位老师，同学给予帮助呀！
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2楼2013-10-06 22:01:58
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therotyonth

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-07 08:32:30
试试G03吧，09好像不行

这个，我们服务器上只装的有G09呀！只能用03呀？
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4楼2013-10-07 09:06:22
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therotyonth

金虫 (正式写手)
还希望更多的朋友能帮助一下小生了！！！！！！！！！
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5楼2013-10-07 09:08:48
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
therotyonth: 金币+1, ★有帮助 2013-10-10 08:47:08
引用回帖:
4楼: Originally posted by therotyonth at 2013-10-07 09:06:22
这个，我们服务器上只装的有G09呀！只能用03呀？...

额，不行就再装一个吧
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6楼2013-10-07 10:36:05
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therotyonth

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 亍寞 at 2013-10-07 11:16:16
你的g09版本是b么？之前看见有人说b有问题，咱自己做的时候也出错，手头没有AC也不知道换版本行不行

哎！我都不知道服务器上面装的到底是什么版本的，我们服务器管理员放假回家了。你也在做这个呀？
换版本什么的就不要想了我，估计管理员也不会去换的。
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8楼2013-10-07 11:25:14
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therotyonth

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-10-07 10:36:05
额，不行就再装一个吧...

这个我还真装不来，再说，服务器这个东西以前一直没有接触过的东西呀！
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9楼2013-10-07 11:27:00
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