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fyc801

金虫 (正式写手)


[求助] 用lammps运算,出现 Bond atoms missing错误,是怎么回事?

我先用MS搭建结构,经过结构优化后,导到lammps进行运算。老出现“ERROR on proc 0: Bond atoms 534 535 missing on proc 0 at step 384 (neigh_bond.cpp:55)".

lammps手册解释是Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld。
One or both of 2 atoms needed to compute a particular bond are missing on this processor. Typically this s because the pairwise cutoff is set too short or the bond has blown apart and an atom is too far away.

但是我的pairwise cutoff 为12。这两个原子的距离为1.68,我用harmonic公式,平衡距离设置为1.64.请问到底哪里出问题?请大家帮帮忙,谢谢!
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
fyc801: 金币+2, 有帮助, 我被某文献误导了,设置了错误的力场参数。谢谢您的帮助 2013-03-22 10:28:47
看看这两个原子的受力是否过大?那样会造成过大位移。
2楼2013-03-22 09:06:38
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dswkohaku

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你可以先用minimize来优化系统,再保存新的坐标进行计算。
3楼2013-05-10 04:07:54
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liuasia

铜虫 (小有名气)

你好,你说被某文献误导了,设置了错误的力场参数是怎么回事啊?单位错了,还是怎么回事,我现在也遇到了这样的问题,也是参考文献,寻求你的帮组,望回复!谢谢
互相帮组
4楼2014-04-09 20:39:25
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fyc801

金虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究心得、问题的解决办法! 2014-04-13 08:54:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuasia at 2014-04-09 20:39:25
你好,你说被某文献误导了,设置了错误的力场参数是怎么回事啊?单位错了,还是怎么回事,我现在也遇到了这样的问题,也是参考文献,寻求你的帮组,望回复!谢谢

文献的单位错了,最好多找几篇同类的文献对比一下。另外,有的公式,如harmonic公式,要注意系数1/2的问题,有的文献会搞错。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2014-04-11 08:27:41
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liuasia

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by fyc801 at 2014-04-11 08:27:41
文献的单位错了,最好多找几篇同类的文献对比一下。另外,有的公式,如harmonic公式,要注意系数1/2的问题,有的文献会搞错。...

非常感谢!
互相帮组
6楼2014-04-11 08:57:19
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tina张

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by fyc801 at 2014-04-11 08:27:41
文献的单位错了,最好多找几篇同类的文献对比一下。另外,有的公式,如harmonic公式,要注意系数1/2的问题,有的文献会搞错。...

楼主,你好!我现在也被这个问题困扰,当出现bond atom missing的时候,就按照上述方法增大截断半径,但是就会出现too many neighbor bins的错误,请问楼主是怎样解决这个问题的,万分感激!
不忘初心
7楼2016-11-26 11:19:51
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