应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用lammps运算，出现 Bond atoms missing错误，是怎么回事？
71/1返回列表
查看: 7473  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fyc801

金虫 (正式写手)

[求助] 用lammps运算，出现 Bond atoms missing错误，是怎么回事？

我先用MS搭建结构，经过结构优化后，导到lammps进行运算。老出现“ERROR on proc 0: Bond atoms 534 535 missing on proc 0 at step 384 (neigh_bond.cpp:55)".

lammps手册解释是Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld。
One or both of 2 atoms needed to compute a particular bond are missing on this processor. Typically this s because the pairwise cutoff is set too short or the bond has blown apart and an atom is too far away.

但是我的pairwise cutoff 为12。这两个原子的距离为1.68，我用harmonic公式，平衡距离设置为1.64.请问到底哪里出问题？请大家帮帮忙，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-03-15 16:23:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
fyc801: 金币+2, ★有帮助, 我被某文献误导了，设置了错误的力场参数。谢谢您的帮助 2013-03-22 10:28:47
看看这两个原子的受力是否过大？那样会造成过大位移。
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-22 09:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dswkohaku

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你可以先用minimize来优化系统，再保存新的坐标进行计算。
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-10 04:07:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuasia

铜虫 (小有名气)
你好，你说被某文献误导了，设置了错误的力场参数是怎么回事啊？单位错了，还是怎么回事，我现在也遇到了这样的问题，也是参考文献，寻求你的帮组，望回复！谢谢
赞一下 回复此楼
互相帮组
4楼2014-04-09 20:39:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fyc801

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+5, 感谢分享研究心得、问题的解决办法！ 2014-04-13 08:54:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuasia at 2014-04-09 20:39:25
你好，你说被某文献误导了，设置了错误的力场参数是怎么回事啊？单位错了，还是怎么回事，我现在也遇到了这样的问题，也是参考文献，寻求你的帮组，望回复！谢谢

文献的单位错了，最好多找几篇同类的文献对比一下。另外，有的公式，如harmonic公式，要注意系数1/2的问题，有的文献会搞错。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

tina张
5楼2014-04-11 08:27:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuasia

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fyc801 at 2014-04-11 08:27:41
文献的单位错了，最好多找几篇同类的文献对比一下。另外，有的公式，如harmonic公式，要注意系数1/2的问题，有的文献会搞错。...

非常感谢！
回复此楼
互相帮组
6楼2014-04-11 08:57:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tina张

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by fyc801 at 2014-04-11 08:27:41
文献的单位错了，最好多找几篇同类的文献对比一下。另外，有的公式，如harmonic公式，要注意系数1/2的问题，有的文献会搞错。...

楼主，你好！我现在也被这个问题困扰，当出现bond atom missing的时候，就按照上述方法增大截断半径，但是就会出现too many neighbor bins的错误，请问楼主是怎样解决这个问题的，万分感激！
赞一下 回复此楼
不忘初心
7楼2016-11-26 11:19:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fyc801 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭