24小时热门版块排行榜    

查看: 1735  |  回复: 2

yuechuan86

银虫 (初入文坛)

[求助] NCBI提交序列后是否遇到这个问题

本人提交了一条基因序列到GenBank里,现在今天收到回信说我的序列有问题。但是我的序列是测了几次的啊!麻烦各位看看,给提个意见!
来信如下:
We are currently processing your GenBank record xxxxxxx
and have come across an issue that requires your attention.

Upon doing a BLAST similarity search of your sequence, we noticed
that there may be a reading frame shift in the translation of the
xxxxxx gene around nt 1196, relative to similar proteins. This appears
to results in a protein that is shorter at the carboxy-temrinus.

If the nucleotide sequence is incorrect, send us the corrected
sequence, and we will replace the current sequence in your
submission.

If the sequence is correct, please let us know if you have any
evidence that this frame shifted protein is translated.

我再次BLAST过,结果里也有的序列和我的一样的!!!!
给个建议吧
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
他们的blast分析是和其他物种的同源蛋白做的比较,通过比较能发现序列有移码。这样就造成了它的C端短一截。这个需要你自个的分析去确定这个位置的移码存在的原因。有可能这个基因就是这个样子的。如果是真的有问题的话,可能是测序出现的问题,或者是在序列拼接的过程中出现的问题。可以查一下原始的测序峰图,剔除掉低质量序列之后再拼接。
Stop fighting,let it flow.
2楼2013-03-08 11:49:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuechuan86

银虫 (初入文坛)

谢谢啦,我BLAST结果后,用其他的同源基因序列BLAST,有的也有这种情况的
3楼2013-03-08 16:20:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuechuan86 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 071000生物学求调剂,初试成绩343 +3 小小甜面团 2026-03-25 3/150 2026-03-26 19:24 by macy2011
[考研] 0703化学/290求调剂/本科经历丰富/工科也可 +7 丹青奶盖 2026-03-26 7/350 2026-03-26 19:18 by macy2011
[考研] 284求调剂 +8 junqihahaha 2026-03-26 8/400 2026-03-26 19:04 by macy2011
[考研] 材料调剂 +7 匹克i 2026-03-23 7/350 2026-03-26 19:00 by 不吃魚的貓
[考研] 085602 289分求调剂 +8 WWW西西弗斯 2026-03-24 8/400 2026-03-26 16:33 by 不吃魚的貓
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +16 RichLi_ 2026-03-25 16/800 2026-03-26 16:18 by bruceku07
[考研] 考研调剂 +7 呼呼?~+123456 2026-03-24 7/350 2026-03-26 15:24 by 小小麦片
[考研] 材料学硕297已过四六级求调剂推荐 +13 adaie 2026-03-19 13/650 2026-03-26 14:05 by 小小麦片
[考研] 085600 材料与化工 329分求调剂 +9 Mr. Z 2026-03-25 9/450 2026-03-26 10:36 by baoball
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
[考研] 化工专硕求调剂 +3 question挽风 2026-03-24 3/150 2026-03-24 18:48 by jhhcooi
[考研] 321求调剂 +4 Ymlll 2026-03-24 4/200 2026-03-24 14:44 by sprinining
[考研] 277分求调剂,跨调材料 +3 考研调剂lxh 2026-03-24 3/150 2026-03-24 13:52 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 336化工调剂 +4 王大坦1 2026-03-23 5/250 2026-03-23 18:32 by allen-yin
[考研] 298求调剂 +8 上岸6666@ 2026-03-20 8/400 2026-03-23 11:02 by laoshidan
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见