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409702500

银虫 (著名写手)

[求助] AC建模时的小问题! 已有1人参与

用AC建胞时的下面三个选项的含义?看了help也还是不太明白,希望楼主你能给解释一下,我觉得很多人对这个问题好像都是理解的不透彻.选上跟不选上有什么区别呢?谢谢!

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[ 来自科研家族 计算材料学 ]
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
409702500: 金币+2, 有帮助 2013-03-10 17:15:33
1.第一个就是对建立的无定型盒子进行几何优化,类似于minimize
2.第二个对盒子跑一个动力学,使得盒子里的分子或者其他东东分布一致吧。我一般不选。
2楼2013-03-07 13:33:49
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长大小慧慧

新虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-31 16:59:20
引用回帖:
2楼: Originally posted by cg陈 at 2013-03-07 13:33:49
1.第一个就是对建立的无定型盒子进行几何优化,类似于minimize
2.第二个对盒子跑一个动力学,使得盒子里的分子或者其他东东分布一致吧。我一般不选。

我是刚开始用AC,那我想问下如果勾选了第一个的话,那用AC建立的分子还需要用minimize来再次优化吗?还有感觉您懂得好多,不知可否给个QQ号,想多请教下您。谢谢啦
3楼2014-03-29 16:54:09
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-31 16:59:26
引用回帖:
3楼: Originally posted by 长大小慧慧 at 2014-03-29 16:54:09
我是刚开始用AC,那我想问下如果勾选了第一个的话,那用AC建立的分子还需要用minimize来再次优化吗?还有感觉您懂得好多,不知可否给个QQ号,想多请教下您。谢谢啦...

完全可以的,只要能量曲线最后平衡就可以了
平时不怎么上QQ。木虫联系沟通觉得蛮方便的。
4楼2014-03-30 14:44:24
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长大小慧慧

新虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-31 16:59:52
引用回帖:
4楼: Originally posted by cg陈 at 2014-03-30 14:44:24
完全可以的,只要能量曲线最后平衡就可以了
平时不怎么上QQ。木虫联系沟通觉得蛮方便的。...

1.那请问这样的图是否能量平衡了呢?还有要想达到能量平衡该注意些什么呢?
2.我用discover跑动力学的时候出现了此类错误,Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 2000000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 298.15 \
    ensemble = NVT \
    temperature_control_method = ande ..."
该怎么修正啊?
AC建模时的小问题!
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5楼2014-03-30 15:01:26
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-31 16:59:56
能量没有平衡,你需要再次能量最小化
6楼2014-03-30 16:50:50
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长大小慧慧

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by cg陈 at 2014-03-30 16:50:50
能量没有平衡,你需要再次能量最小化

即在我现在的基础上再次优化是吧?
7楼2014-04-01 16:11:16
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 长大小慧慧 at 2014-04-01 16:11:16
即在我现在的基础上再次优化是吧?...

是的呀 你看纵坐标的能量很高 显然体系能量没有平衡
8楼2014-04-01 21:17:04
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