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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » Nhe I和Hind III 双酶切pcDNA3.1(+)和目的片段2300bp，却连不上，求各位帮忙啊
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yiyijiayou21

新虫 (初入文坛)

[求助] Nhe I和Hind III 双酶切pcDNA3.1(+)和目的片段2300bp，却连不上，求各位帮忙啊

我用Nhe I和Hind III 双酶切pcDNA3.1(+)和目的片段2300bp，胶回收连接后挑菌提质粒跑电泳发现比原来空载的质粒还要小，而且单酶切后大小差不多，郁闷了很长时间，希望大家帮帮忙啊！！！！还有就是，谁有pcDNA3.1(+)的酶切位点图谱，可否发一下，急求啊！！！谢谢谢！！！
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1楼2013-03-03 13:30:41
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小love肖

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

是不是你的目的片段没有切开呢？你的目的片段是PCR片段还是从别的载体上酶切下来的呢？这两种酶我经常用，酶切效果都很好，基本上酶切2ug的质粒，分别加1ul的酶1个小时就能切开了，你应该从头重新做一遍，也许体系中少加了什么
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8楼2013-03-12 11:17:56
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-03 21:36:04
yiyijiayou21: 金币+5, ★有帮助 2013-03-10 15:30:50
酶切图谱http://tools.invitrogen.com/content/sfs/vectors/pcdna3.1-.pdf

从你的描述来看，可能是你的载体和外源片段酶切不完全（尤其是载体酶切不完全），导致大量的载体自连，所以都是空载体。
你用的这两个酶中，NheI所需的酶量比较多（因为各个酶的单位定义是不一样的）。我了保证酶切完全，我建议你用double digestion designer（进行双酶切设计，该软件可以精确计算酶切时所需要的酶量，保证完全酶切。我用此软件帮你算了一下，如果你酶切2ug pcDNA3.1，NdeI（NEB）需要35U，HindIII(NEB)只需要6U.如果你按照所谓的经验加酶量，则NheI肯定不够，导致NheI位点酶切不完全，最终导致载体自连。类似的，你可以用此软件计算完全酶切外源片段的酶量。祝好运。这个软件的链接如下：http://www.bioinfomatics.cn/enzyme/showresult.php，可以免费试用。
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2楼2013-03-03 20:03:21
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yiyijiayou21

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 酶切专家 at 2013-03-03 20:03:21
酶切图谱http://tools.invitrogen.com/content/sfs/vectors/pcdna3.1-.pdf

从你的描述来看，可能是你的载体和外源片段酶切不完全（尤其是载体酶切不完全），导致大量的载体自连，所以都是空载体。
你用的这两个 ...

你好，还想问一下，前两天又做了一次，但是结果还是不行，然后 做了一个酶切前后的质粒对比，发现双酶切后的质粒比双酶切前的原载体还要大，想问一下这是怎么会这样啊？！！！
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3楼2013-03-10 15:25:30
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酶切专家

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-13 20:01:26
首先，你需要明确：制备的质粒一般是三种状态的混合物，超螺旋DNA，线性DNA,环状但非超螺旋DNA。电泳时，超螺旋DNA电泳比较快，线性DNA位于中间（对照DNAmarker,其电泳位置应该与其理论大小一致），环状但非超螺旋DNA电泳最慢。  当你用质粒提取试剂盒制备质粒时（按照标准方法），电泳检测时，质粒应该主要是超螺旋DNA条带，在线性DNA位置为出现一条较弱的带，偶尔会出现环状但非超螺旋DNA。这就表明，制备的高质量的质粒DNA在电泳时，其主要条带位置应该在其理论分子量大小的前面（即看起来比理论分子量小）。但如果你用已知的一个酶进行单切后，再电泳时，就发现其电泳位置应该与其理论分子量一致（即线性DNA的位置）。

根据此特点，可以用酶切前后的电泳带型的变化来判断你的同一个DNA样品的单酶切是否完全。
具体做法是：
设计一组酶切实验：A:不酶切的DNA对照；B:酶1单酶切样品，C:酶2单酶切样品
酶切1-2小时后，同时进行电泳分析，根据电泳时的带型，就可以知道酶1和酶2是否酶切完全。酶切完全的样品其主要带的位置在线性DNA的位置，在超螺旋DNA的位置看不见或很淡。否则，如果在超螺旋DNA的位置出现很明显的条带，表明酶切不完全。酶切不完全的原因有以下几种可能：1；质粒的质量不是很好，存在一些变性的DNA，无法被酶切开，2.可能是你的酶保存不当，酶已经失活。3.你加的酶量不够，导致酶切不完全。你需要针对这些可能，再逐步排除。

希望对你有帮助
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4楼2013-03-10 20:05:23
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