| 查看: 2148 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
gwfs521木虫 (小有名气)
|
[求助]
我有很多测序的结果，请问怎么建树？？ 已有1人参与
|
|
|
我有几个点不明白所以一直弄不好： 1。我的序列结果怎么用clustalX2.1打不开？结果是seq后缀和a'b1后缀的（图1）。 2.是把这些序列都要粘贴到1个记事本里吗？ 3.如果是粘到1个记事本里，我点do complete Alingment后出现图2（前面）和图3（后面的），要掐头去尾，应该去掉那里？比如图2的，是要去掉最前面的一列还是把后面只要没有对齐的都去掉到第六列吗，还有中间也有空的，影响吗？图3是后面的，同上怎么去掉尾部？》  图1.png  图2.jpg  图3.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
283求调剂，工科！
已经有8人回复
-
285求调剂
已经有10人回复
-
278求调剂
已经有31人回复
-
08工学 309分求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
296求调剂
已经有6人回复
-
材料复试求调剂
已经有15人回复
-
297求调剂
已经有24人回复
-
计算机类求调剂，22408-274分
已经有6人回复
-
化学工程调剂289
已经有39人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
已经有6人回复
- 细菌种属的鉴定（系统发育树）--急用
已经有13人回复
- 如何选择blast的结果来建树
已经有3人回复
- 测序结果比对问题
已经有16人回复
- 微生物多样性研究的几个问题
已经有10人回复
- 【分享】reasonspare生物答疑专贴>>>>你提问题，我来答。
已经有48人回复
plantvirus
木虫 (正式写手)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 2069.8
- 散金: 1317
- 红花: 4
- 帖子: 435
- 在线: 92.8小时
- 虫号: 1134507
- 注册: 2010-10-29
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
4楼2013-02-02 14:05:12
rommel1941
铁杆木虫 (正式写手)
情定山河
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 8144.7
- 散金: 269
- 红花: 6
- 帖子: 694
- 在线: 110.8小时
- 虫号: 67197
- 注册: 2005-05-05
- 性别: GG
- 专业: 分子与进化生态学
2楼2013-02-01 16:01:50
wizardfan
至尊木虫 (著名写手)
- BioEPI: 18
- 应助: 599 (博士)
- 贵宾: 1.818
- 金币: 24632.2
- 散金: 197
- 红花: 48
- 沙发: 2
- 帖子: 2254
- 在线: 400.7小时
- 虫号: 1879241
- 注册: 2012-07-05
- 性别: GG
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
gwfs521: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 2013-02-06 22:07:59
感谢参与，应助指数 +1
gwfs521: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 2013-02-06 22:07:59
|
1. it seems that .seq and .ab1 are the file formats specific to your sequencing instrument. The general practice is to have fasta format which is >header1 sequence1 >header2 sequence2 fasta format is widely accepted format. 2. removal of the gaps It is really a personal call, depending on the fact how the gap exists. In your case, the beginning and trailing gaps are more likely caused by the sequencing, which has no evolutionary importance. Then it is suggested to remove them. Sometimes if it contains the primer sequence, better to remove them as well. Like the gap at around position 30 (base A against -) could be caused by the evolution, you really should keep it. |
3楼2013-02-01 20:36:27
gwfs521
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1218.7
- 散金: 590
- 红花: 2
- 帖子: 265
- 在线: 91.8小时
- 虫号: 616556
- 注册: 2008-10-04
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
6楼2013-02-06 22:03:19
