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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 我有很多测序的结果，请问怎么建树？？
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gwfs521

木虫 (小有名气)

[求助] 我有很多测序的结果，请问怎么建树？？ 已有1人参与

我有几个点不明白所以一直弄不好：
1。我的序列结果怎么用clustalX2.1打不开？结果是seq后缀和a'b1后缀的（图1）。
2.是把这些序列都要粘贴到1个记事本里吗？
3.如果是粘到1个记事本里，我点do complete Alingment后出现图2（前面）和图3（后面的），要掐头去尾，应该去掉那里？比如图2的，是要去掉最前面的一列还是把后面只要没有对齐的都去掉到第六列吗，还有中间也有空的，影响吗？图3是后面的，同上怎么去掉尾部？》

图1.png



图2.jpg



图3.jpg
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活着，就珍惜每一天。
1楼 2013-02-01 10:26:54
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plantvirus

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与，clustal也可以生成NJ树，不一定要用MEGA 2013-02-03 09:33:38
我不知道你建树的目的是什么，如果你的序列同源性非常大，那么你就需要将所有的序列截成一样长度。先用clusta W 比对，可以用Bioedit截取至一样长度，然后做成txt格式，在利用MEGA构建就可以了。
赞一下 回复此楼
Imaginationismoreimportantthanknowledge！
4楼2013-02-02 14:05:12
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gwfs521: 金币+3, ★★★★★最佳答案, 谢谢，基本明白了 2013-02-06 22:07:36
1.Clustal最好还是打开文本文件，不能直接开测序结果。
2.一般比对后，选择最短的为基准。保证全部分析的数据要长度一致，有个别的gap到没什么。
3.读取和比对只是第一步，建议你没条序列看上它3遍，防止测序中有错读的或是有杂合、背景干扰等。
4.读取和比对是最基础的一步，此后要看你的研究内容来建树。有很多种方法和软件可供选择。
   驻好！
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将相本无种★男儿当自强
2楼2013-02-01 16:01:50
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gwfs521: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 2013-02-06 22:07:59
1. it seems that .seq and .ab1 are the file formats specific to your sequencing instrument. The general practice is to have fasta format which is
>header1
sequence1
>header2
sequence2
fasta format is widely accepted format.
2. removal of the gaps
It is really a personal call, depending on the fact how the gap exists. In your case, the beginning and trailing gaps are more likely caused by the sequencing, which has no evolutionary importance. Then it is suggested to remove them. Sometimes if it contains the primer sequence, better to remove them as well. Like the gap at around position 30 (base A against -) could be caused by the evolution, you really should keep it.
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3楼2013-02-01 20:36:27
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gwfs521

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by plantvirus at 2013-02-02 14:05:12
我不知道你建树的目的是什么，如果你的序列同源性非常大，那么你就需要将所有的序列截成一样长度。先用clusta W 比对，可以用Bioedit截取至一样长度，然后做成txt格式，在利用MEGA构建就可以了。

我是从不同地区的样本上分离的同一真菌，测序后想看看各地区差别等等。
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活着，就珍惜每一天。
6楼2013-02-06 22:03:19
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