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gwfs521木虫 (小有名气)
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我有很多测序的结果，请问怎么建树？？ 已有1人参与
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我有几个点不明白所以一直弄不好： 1。我的序列结果怎么用clustalX2.1打不开？结果是seq后缀和a'b1后缀的（图1）。 2.是把这些序列都要粘贴到1个记事本里吗？ 3.如果是粘到1个记事本里，我点do complete Alingment后出现图2（前面）和图3（后面的），要掐头去尾，应该去掉那里？比如图2的，是要去掉最前面的一列还是把后面只要没有对齐的都去掉到第六列吗，还有中间也有空的，影响吗？图3是后面的，同上怎么去掉尾部？》  图1.png  图2.jpg  图3.jpg |
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2楼2013-02-01 16:01:50
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【答案】应助回帖
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gwfs521: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 2013-02-06 22:07:59
感谢参与，应助指数 +1
gwfs521: 金币+1, ★有帮助, 谢谢 2013-02-06 22:07:59
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1. it seems that .seq and .ab1 are the file formats specific to your sequencing instrument. The general practice is to have fasta format which is >header1 sequence1 >header2 sequence2 fasta format is widely accepted format. 2. removal of the gaps It is really a personal call, depending on the fact how the gap exists. In your case, the beginning and trailing gaps are more likely caused by the sequencing, which has no evolutionary importance. Then it is suggested to remove them. Sometimes if it contains the primer sequence, better to remove them as well. Like the gap at around position 30 (base A against -) could be caused by the evolution, you really should keep it. |
3楼2013-02-01 20:36:27
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