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gwfs521

木虫 (小有名气)

[求助] 我有很多测序的结果,请问怎么建树??已有1人参与

我有几个点不明白所以一直弄不好:
1。我的序列结果怎么用clustalX2.1打不开?结果是seq后缀和a'b1后缀的(图1)。
2.是把这些序列都要粘贴到1个记事本里吗?
3.如果是粘到1个记事本里,我点do complete Alingment后出现图2(前面)和图3(后面的),要掐头去尾,应该去掉那里?比如图2的,是要去掉最前面的一列还是把后面只要没有对齐的都去掉到第六列吗,还有中间也有空的,影响吗?图3是后面的,同上怎么去掉尾部?》

图1.png



图2.jpg



图3.jpg
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plantvirus

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与,clustal也可以生成NJ树,不一定要用MEGA 2013-02-03 09:33:38
我不知道你建树的目的是什么,如果你的序列同源性非常大,那么你就需要将所有的序列截成一样长度。先用clusta W 比对,可以用Bioedit截取至一样长度,然后做成txt格式,在利用MEGA构建就可以了。
Imaginationismoreimportantthanknowledge!
4楼2013-02-02 14:05:12
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