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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » WB的蛋白总量，变还是不变！？
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summer2771

木虫 (正式写手)

[交流] WB的蛋白总量，变还是不变！？ 已有4人参与

请教大家的意见，经常可以看到论文中（包括学位论文），只做某些蛋白的磷酸化表达，而不做蛋白总量表达。是否可以理解为，某蛋白的总量跟内参一样，是相对恒定不变的，即便是有波动，但也并无显著性差异。由此则只要计算出磷酸化表达的相对量即可说明磷酸化率究竟是上升还是下调，从而表明该蛋白的变化。
我的实验中出现了有好多例都是各个组的蛋白总量也是有显著不同的，磷酸化表达也是不同的，我用磷酸化表达/总量表达的Ratio来说明问题，出现的趋势却可能是跟磷酸化、总量本身的变化趋势相反，即磷酸化、总量均上升，但是Ratio却可能是下调的。
看国外国内很多的论文，从条带上来看，基本上总量似乎是没有差异的。
我就有点纳闷了，难道我的实验出现了问题？
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1楼 2013-01-24 23:13:00
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ccharlien

木虫 (正式写手)
★
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只做磷酸化不做蛋白总量当然不行
要在总蛋白水平相同的情况下看特定磷酸化的水平才有意义
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2楼2013-01-25 02:36:48
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
★
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做western一般是各个样品上总蛋白一样，当然要做蛋白表达量的blot，也做样品磷酸化的blot。
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3楼2013-01-25 08:06:29
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zhang881007

金虫 (小有名气)
★
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最好是做同一蛋白的总量与磷酸化量的变化
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shine
4楼2013-01-25 09:00:44
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summer2771

木虫 (正式写手)
谢谢各位战友的热心回复！
我是同时做了磷酸化与蛋白总量的，但是发现有个问题，就是我的蛋白总量也是变化的，而且具有显著性的差异，磷酸化也是有变化的，比如：某一个蛋白的蛋白总量，实验组与对照组相比，是升高的；磷酸化表达的相对倍数也是升高的；但是用磷酸化表达/蛋白总量后，比值却是下降的....
有朋友告诉我说，一般总量是不变，即变化比较小，没有显著性差异，倍数来看，可能是1.0几或者是0.9几倍，统计出来的结果是p大于0.05的。我看过的论文中，做了磷酸化与总量的，从条带来看，都是比较齐的，看不出会有显著性的差异。这是我比较纳闷的地方。毕竟磷酸化表达只是蛋白表达中很小的一部分，所以即便是磷酸化表达有变化，总量应该是相对较为恒定，没有显著性升高或降低的。
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5楼2013-01-25 11:12:31
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summer2771

木虫 (正式写手)
另外请教大家一下，是否会出现这种情况：蛋白总量呈下降趋势，比如与对照组相比倍数为0.93、0.95倍，但是磷酸化表达却是升高的比如1.1或1.2倍
这样的话，用phospho/total，出来的倍数则会大于phospho/内参所表现出的1.1或1.2倍。
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6楼2013-01-25 11:16:01
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
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7楼2017-11-30 19:48:27
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