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gromacs自己添加residue遇到的问题 已有3人参与
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大家好，最近一直在研究gromacs的residue这块，我根据prodrg给出的top file自己在.rtp中添加了新的residue，具体步骤如下，在选择的force field文件夹中的.rtp中添加residue，在ffbonded.itp里增加新的键的类型，最后更新residuetypes.dat，我认为添加的内容都挺对的，但用pdb2gmx生成top文件时出现这样的错误，我想请问我少了那步呢，不知道还要在什么地方添加东西呢？ Fatal error: atom N not found in buiding block 2MOL while combining tdb and rtp For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS |
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 高分子学习--qlh |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-01-20 10:03:31
zh1987hs: 金币+15, 模拟EPI+1, jiao版真是好娃啊~哈哈 2013-01-20 10:38:01
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zh1987hs: 金币+15, 模拟EPI+1, jiao版真是好娃啊~哈哈 2013-01-20 10:38:01
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你还是应该先非常仔细的研究一下手册，真的！ 你的意思就是定义了一个新的 分子但是gromacs里面没有这个residue 吧： 下面我以charmm力场下添加 三氧化二铝的模型为例子，说明如何添加： 1、使用MS建立满足自己体系大小的三氧化二铝模型的PDB文件 2、导入到VMD中建立PSF文件 3、通过三氧化二铝的psf和pdb文件，转化成gromacs的 itp 文件，保存成alo_pore_charged.itp，并且放到charmmm27.ff文件夹内（部分内容如下）： [moleculetype] ; molname nrexcl al2o3Nanopore 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge mass 1 OAL 1 ALO O8 1 -1.05 15.9994 2 OAL 1 ALO O9 2 -1.05 15.9994 3 OAL 1 ALO O10 3 -1.05 15.9994 4 AL 1 ALO AL7 4 1.601296 26.9815 5 OAL 1 ALO O2 5 -1.05 15.9994 6 OAL 1 ALO O13 6 -1.05 15.9994 7 OAL 1 ALO O14 7 -1.05 15.9994 8 OAL 1 ALO O15 8 -1.05 15.9994 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 20062 AL 1 ALO AL4 20062 1.601296 26.9815 20063 AL 1 ALO AL5 20063 1.601296 26.9815 20064 AL 1 ALO AL6 20064 1.601296 26.9815 [bonds] ; i j funct length force.c. [angles] ; i j k funct angle force.c. 这里具体的bond angle 信息根据psf文件中转化，键长，键能自己在这里设定。 4、由于我这里的使用的原子名字，不是charmm力场的标准原子名，因此需要把这些添加到 charmm力场的 atomtypes.atp （charmm27.ff目录内）下面， ; atom types below are under my definition ALS 26.9815 ; the atoms on the AL2O3 pore's surface AL 26.9815 ; AL atoms in the AL2O3 OAL 15.9994 ; O atoms in the AL2O3 5、把建立好的pdb文件导入到gromacs中，生成。top文件就可以往下面继续了： genbox -cp sys_box.pdb -cs spc216.gro -o sys_water.gro -p sys.top （.top文件可以手动修改） 最后的sys.top如下： ; Include forcefield parameters #include "charmm27.ff/forcefield.itp" ; Include your topologies #include "charmm27.ff/alo_pore_charged.itp" ; Include chain topologies #include "dsdna45_DNA_chain_A.itp" #include "dsdna45_DNA_chain_B.itp" ; Include water topology #include "charmm27.ff/spc.itp" #ifdef POSRES_WATER ; Position restraint for each water oxygen [ position_restraints ] ; i funct fcx fcy fcz 1 1 1000 1000 1000 #endif ; Include topology for ions #include "charmm27.ff/ions.itp" [ system ] ; Name dsDNA in nanopore in water [ molecules ] ; Compound #mols DNA_chain_A 1 DNA_chain_B 1 al2o3Nanopore 1 SOL 88342 K 1803 CL 1847 注意注意注意： .top 中的 [ molecules ] 中的顺序，一定要和坐标文件（pdb 或者 gro）文件中的顺序一致 ok思路就是这样，具体的多看手册，“atom N not found ”，我想主要就是第四步出现的问题吧 [ Last edited by jiaoyixiong on 2013-1-20 at 09:27 ] |
2楼2013-01-20 09:25:24
3楼2013-01-20 16:52:54
4楼2013-01-20 16:58:17
5楼2013-01-21 20:29:08
youngfi
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