| 查看: 2826 | 回复: 6 | ||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
gromacs自己添加residue遇到的问题 已有3人参与
|
||||
|
大家好，最近一直在研究gromacs的residue这块，我根据prodrg给出的top file自己在.rtp中添加了新的residue，具体步骤如下，在选择的force field文件夹中的.rtp中添加residue，在ffbonded.itp里增加新的键的类型，最后更新residuetypes.dat，我认为添加的内容都挺对的，但用pdb2gmx生成top文件时出现这样的错误，我想请问我少了那步呢，不知道还要在什么地方添加东西呢？ Fatal error: atom N not found in buiding block 2MOL while combining tdb and rtp For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 高分子学习--qlh |
» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有25人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有3人回复
-
北京211副教授，35岁，想重新出发，去国外做博后，怎么样？
已经有4人回复
-
自荐读博
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有5人回复
-
不自信的我
已经有5人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- topol文件不识别小分子
已经有8人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
SunnyRain0.0
金虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1564.1
- 散金: 1
- 红花: 7
- 帖子: 624
- 在线: 146.8小时
- 虫号: 1711069
- 注册: 2012-03-23
- 性别: MM
- 专业: 中药学其他科学问题
7楼2013-10-14 20:12:28