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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs自己添加residue遇到的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-01-20 10:03:31
zh1987hs: 金币+15, 模拟EPI+1, jiao版真是好娃啊~哈哈 2013-01-20 10:38:01
你还是应该先非常仔细的研究一下手册，真的！

你的意思就是定义了一个新的 分子但是gromacs里面没有这个residue 吧：

下面我以charmm力场下添加 三氧化二铝的模型为例子，说明如何添加：

1、使用MS建立满足自己体系大小的三氧化二铝模型的PDB文件
2、导入到VMD中建立PSF文件
3、通过三氧化二铝的psf和pdb文件，转化成gromacs的 itp 文件，保存成alo_pore_charged.itp，并且放到charmmm27.ff文件夹内（部分内容如下）：

[moleculetype]
; molname         nrexcl
al2o3Nanopore                1

[atoms]
;        id        type        resnr        residu        atom        cgnr        charge                mass
        1        OAL        1        ALO        O8        1        -1.05                15.9994
        2        OAL        1        ALO        O9        2        -1.05                15.9994
        3        OAL        1        ALO        O10        3        -1.05                15.9994
        4        AL        1        ALO        AL7        4        1.601296                26.9815
        5        OAL        1        ALO        O2        5        -1.05                15.9994
        6        OAL        1        ALO        O13        6        -1.05                15.9994
        7        OAL        1        ALO        O14        7        -1.05                15.9994
        8        OAL        1        ALO        O15        8        -1.05                15.9994
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        20062        AL        1        ALO        AL4        20062        1.601296                26.9815
        20063        AL        1        ALO        AL5        20063        1.601296                26.9815
        20064        AL        1        ALO        AL6        20064        1.601296                26.9815
       
[bonds]
;         i         j         funct         length        force.c.

[angles]
;        i         j         k         funct         angle         force.c.

这里具体的bond angle 信息根据psf文件中转化，键长，键能自己在这里设定。


4、由于我这里的使用的原子名字，不是charmm力场的标准原子名，因此需要把这些添加到 charmm力场的 atomtypes.atp （charmm27.ff目录内）下面，
; atom types below are under my definition  
ALS         26.9815   ;  the atoms on the AL2O3 pore's surface
AL     26.9815   ;  AL atoms in the AL2O3
OAL         15.9994   ;  O atoms in the AL2O3

5、把建立好的pdb文件导入到gromacs中，生成。top文件就可以往下面继续了：
genbox -cp sys_box.pdb -cs spc216.gro -o sys_water.gro -p sys.top   （.top文件可以手动修改）

最后的sys.top如下：

; Include forcefield parameters
#include "charmm27.ff/forcefield.itp"

; Include your topologies
#include "charmm27.ff/alo_pore_charged.itp"

; Include chain topologies
#include "dsdna45_DNA_chain_A.itp"
#include "dsdna45_DNA_chain_B.itp"

; Include water topology
#include "charmm27.ff/spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "charmm27.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
dsDNA in nanopore in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
DNA_chain_A         1
DNA_chain_B         1


al2o3Nanopore                        1
SOL         88342
K           1803
CL          1847


注意注意注意：
.top 中的 [ molecules ]
中的顺序，一定要和坐标文件（pdb 或者 gro）文件中的顺序一致

ok思路就是这样，具体的多看手册，“atom N not found ”，我想主要就是第四步出现的问题吧

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-1-20 at 09:27 ]
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2楼2013-01-20 09:25:24
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