★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-01-20 10:03:31
zh1987hs: 金币+15, 模拟EPI+1, jiao版真是好娃啊~哈哈 2013-01-20 10:38:01
你还是应该先非常仔细的研究一下手册，真的！
你的意思就是定义了一个新的 分子但是gromacs里面没有这个residue 吧：
下面我以charmm力场下添加 三氧化二铝的模型为例子，说明如何添加：
1、使用MS建立满足自己体系大小的三氧化二铝模型的PDB文件
2、导入到VMD中建立PSF文件
3、通过三氧化二铝的psf和pdb文件，转化成gromacs的 itp 文件，保存成alo_pore_charged.itp，并且放到charmmm27.ff文件夹内（部分内容如下）：
[moleculetype]
; molname nrexcl
al2o3Nanopore 1
[atoms]
; id type resnr residu atom cgnr charge mass
1 OAL 1 ALO O8 1 -1.05 15.9994
2 OAL 1 ALO O9 2 -1.05 15.9994
3 OAL 1 ALO O10 3 -1.05 15.9994
4 AL 1 ALO AL7 4 1.601296 26.9815
5 OAL 1 ALO O2 5 -1.05 15.9994
6 OAL 1 ALO O13 6 -1.05 15.9994
7 OAL 1 ALO O14 7 -1.05 15.9994
8 OAL 1 ALO O15 8 -1.05 15.9994
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
20062 AL 1 ALO AL4 20062 1.601296 26.9815
20063 AL 1 ALO AL5 20063 1.601296 26.9815
20064 AL 1 ALO AL6 20064 1.601296 26.9815
[bonds]
; i j funct length force.c.
[angles]
; i j k funct angle force.c.
这里具体的bond angle 信息根据psf文件中转化，键长，键能自己在这里设定。
4、由于我这里的使用的原子名字，不是charmm力场的标准原子名，因此需要把这些添加到 charmm力场的 atomtypes.atp （charmm27.ff目录内）下面，
; atom types below are under my definition
ALS 26.9815 ; the atoms on the AL2O3 pore's surface
AL 26.9815 ; AL atoms in the AL2O3
OAL 15.9994 ; O atoms in the AL2O3
5、把建立好的pdb文件导入到gromacs中，生成。top文件就可以往下面继续了：
genbox -cp sys_box.pdb -cs spc216.gro -o sys_water.gro -p sys.top （.top文件可以手动修改）
最后的sys.top如下：
; Include forcefield parameters
#include "charmm27.ff/forcefield.itp"
; Include your topologies
#include "charmm27.ff/alo_pore_charged.itp"
; Include chain topologies
#include "dsdna45_DNA_chain_A.itp"
#include "dsdna45_DNA_chain_B.itp"
; Include water topology
#include "charmm27.ff/spc.itp"
#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif
; Include topology for ions
#include "charmm27.ff/ions.itp"
[ system ]
; Name
dsDNA in nanopore in water
[ molecules ]
; Compound #mols
DNA_chain_A 1
DNA_chain_B 1
al2o3Nanopore 1
SOL 88342
K 1803
CL 1847
注意注意注意：
.top 中的 [ molecules ]
中的顺序，一定要和坐标文件（pdb 或者 gro）文件中的顺序一致
ok思路就是这样，具体的多看手册，“atom N not found ”，我想主要就是第四步出现的问题吧
[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-1-20 at 09:27 ] |
回复此楼
点击这里搜索更多相关资源